משרד מבקר המדינה בדק בחודשים פברואר-אוגוסט 2014 את נושא הטיפול בחקיקת משנה וקידומה במערכת הממשלתית ומצא ליקויים ביחס להליכי חקיקת המשנה. ליקויים בהליכי ריכוז המידע על חקיקה זו במשרד המשפטים וכי גם בשנת 2015 המידע עדיין לא ממוחשב.

נכון לאוגוסט 2014, יש 133 תקנות שהחוק קבע כי השר חייב בהתקנתן אך הן טרם הותקנו. לפחות ב-32% החוק קבע מועד מירבי שהופר. כך למשל, ביחס לתקנות בדיני המכרזים החלים על תאגידים עירוניים, שם נקבע כי יש לסיים את חקיקת המשנה עד לפברואר 2003. במועד הביקורת, 12 שנים אחרי, התקנות עדיין לא הותקנו. דוגמא נוספת היא  הוראה בדבר הקמה והפעלה של מסגרת חינוכית בבתי חולים עבור ילדים מאושפזים, הוראה שעדיין ממתינה לחקיקת המשנה. 
המבקר ממליץ בנושא זה כי ״על הגופים הממשלתיים לפעול במרץ וללא דיחוי כדי להביא להתקנת התקנות שבתחום אחריותם. עליהם לפעול באופן מהיר ויעיל שייתר עתירות לבתי המשפט לצורך אכיפת התקנתן של תקנות״. רישום שיטתי וסדור של המידע הנוגע להליכי החקיקה, ונושאים שונים נוספים שעניינים ביורוקרטיה. 

מהליך הביקורת עלה כי הסיבות העיקריות לעיכוב בהתקנת התקנות הן עיכובים במשרד המשפטים (כ-11% מהמקרים); עיכובים הקשורים בוועדות הכנסת (כ-16%); עיכובים פנים-משרדיים הנוגעים לעבודת מטה או שיקולים מקצועיים (כ-19%); עיכובים הקשורים למחלוקת או עבודה בין-משרדית (כ-32%) ונושאים נוספים הקשורים לביורוקרטיה. 
"חקיקת משנה" היא שם כולל לתקנות צווים והוראות שונות שהרשויות השונות, למשל משרדים ממשלתיים או רשות מקומית מוסמכים להתקין. למשל: חוקי עזר עירוניים. הכוח לחוקק את החוקים ניתן לאותם גופים את הסמכות להתקין את התקנות, בין אם ברשות או בחובה. 
לעתים, חקיקת המשנה מניחה את התשתית המעשית ליישום הוראות החוק, והיעדרה מונע או מגביל במידה ניכרת את יישומן. הבדיקות נעשו במחלקת חקיקת משנה ובכמה משרדי ממשלה ובהם משרדי הכלכלה, הפנים, החקלאות ופיתוח הכפר, הבינוי והשיכון, התקשורת, הרווחה, החינוך, הגנת הסביבה, ביטחון הפנים והבריאות, במסגרתה ביקורת זו שלח משרד מבקר המדינה 51 שאלונים שעסקו בהיבטים שונים בטיפולם של הגופים הממשלתיים בתהליך התקנת התקנות. 
בין הליקויים הנוספים שנמצאו: ליקויים בהליכי ריכוז המידע על חקיקה זו במשרד המשפטים וכי גם בשנת 2015 המידע עדיין לא ממוחשב. המבקר מצא כי כשליש מהגופים הממשלתיים לא ניהלו רישום ביחס לחוקים המחייבים התקנת תקנות שטרם הותקנו. רק שישה גופים ממשלתיים קבעו נוהל פנימי כפי שהציע היועמ״ש ביחס לחקיקת המשנה, רק חמישה משרדים מביאים את נושא חקיקת משנה לידיעת השר והמנכ"ל לאחר סיום הליכי החקיקה של החוק שבתחום אחריותם, בניגוד להנחיות היועמ״שׁ. נכון למועד הביקורת היו ב-30 משרדי ממשלה שנבחנו 83 תקנות רשות שטרם הסתיימה חקיקת המשנה בעניינם.