אחד מאנשי המפתח בפרשת הצוללות הוא, ללא ספק, תא"ל במיל' שמואל צוקר, שהיה עד 2017 היה ראש מנהל הרכש במשרד הביטחון. צוקר, שזומן להעיד בפרשה, לא חשש מעצם הזימון, ואפשר לומר שאפילו ציפה לו, שכן כבר בתקופת כהונתו, בעת שחתם על העסקאות, התבטא בדבר תקלות וליקויים בעסקה עם התאגיד הגרמני ואף אסף מסמכים שתיעדו את המתרחש, ולו רק כדי שיוכל לטהר ולנקות את עצמו.
צוקר חשף בפני החוקרים התערבות לא בריאה מבחינתו, של מפקד חיל הים באותם ימים, האלוף במיל' אליעזר (צ'ייני) מרום, לו ייחס התערבות בבחירת המתווך בעסקה וזאת שאחרי שהתבטל המכרז הראשון והוחלט לצאת לדרך עם תאגיד טיסנקרופ. "ההתערבות שלו מעוררת שאלות", אמר.
גם לגבי אבריאל בר יוסף, המשנה לראש המל"ל לשעבר, התייחס צוקר וטען כי הוא פנה אליו אישית תוך כדי הדיונים ואמר לו "שחשוב מאוד שנתקדם עם גרמניה בנושא הזה".
"זה חמור מאוד בעיני", התבטא צוקר, "שהמשנה לראש המל"ל, שאמור לפקח על העסקה מלמעלה, מתערב באופן ישיר בעסקה במקום להציג תמונת מצב לראש הממשלה. הוא לא היה אמור לעשות עסקאות ובוודאי שלא לעקוף את משרד הביטחון".
תא"ל במיל' צוקר התייחס להחלפה של שייקה ברקת כנציג המספנה הגרמנית ע"י מיקי גנור וטען כי אינו יודע מה היו השיקולים של מפקד חיל הים שנחקר בפרשה בצעד. מבחינתו, בכל אופן, מדובר בתקלה חמורה. "לדעת שאיש צבא מעורב באופן אישי בבחירת המתווך לעסקה זה נראה חמור ולא טוב", אמר לחוקרים.