שר הביטחון לשעבר משה בוגי יעלון, תוקף את יורשו בתפקיד, אביגדור ליברמן, בשל זימונו של מפקד גלי צה"ל ירון דקל לשיחת בירור בעקבות שידור תכנית על המשורר הפלסטיני מחמוד דרוויש בתחנה.
יעלון, שדיבר בכנס דה מרקר וקסם מדדים, קרא למנהיגות שאינה חוששת מביקורת ולא פועלת להחליש את התקשורת. "מנהיגות בטוחה לא צריכה לחשוש מזה. אני רואה שמתעסקים עכשיו בגלי צה"ל. אז סוף סוף גלי צה"ל ישדר את האמת, 'פרבדה' ברוסית".
השר ליברמן מסר כי ״על פניו נראה שמדובר בעניין חמור שבו מי שכתב טקסטים נגד הציונות שמשמשים עד היום כדלק לפעולות טרור נגד מדינת ישראל זוכה שהתחנה הצבאית תכלול אותו ואת יצירותיו כחלק מטקסטים מכוננים של החברה הישראלית יחד עם 'ירושלים של זהב' ו'מגש הכסף'. ברור מאליו שזה דבר שמהווה ליקוי מאורות ולא ניתן לעבור על כך לסדר היום".
יעלון יצא פעמיים בתקופה בה היה שר הביטחון נגד מבקריה של גלי צה"ל. פעם אחת מנע משרת התרבות מירי רגב לבצע שינויים בגלגלצ ואמר כי היא לא תתערב בנעשה בתחנה. הפעם השנייה היתה כאשר הרמטכ"ל, רא"ל גדי איזנקוט, ביקש, במסגרת התכנית הרב שנתית, להוציא את התחנה משורות צה"ל ולהעבירה לגורם חיצוני, דוגמת משרד הביטחון. יעלון סירב לתכנית ואמר כי אם היה צריך להתקיים היום דיון בנושא גלי צה"ל, התחנה לא הייתה קמה, אולם בעידן דמוקרטי ופלורליזם, לא צריך לפגוע בשידור הציבורי".