בעוד המערכת הביטחונית מזהירה ממלחמת דת, תועד הרב הצבאי, תת אלוף רפי פרץ, בשיעור דת שהועלה לאתר האינטרנט כיפה כשהוא מתבטא בחריפות נגד המוסלמים המתפללים על הר הבית. במהלך השיעור שהעביר הרב במכינה שהוא הקים בעבר בעצמונה הוא ענה לשאלת אחד התלמידים לגבי מהות הר הבית עבור המוסלמים. 
"אין בקוראן פעם אחת שמופיעה המילה ירושלים" אומר הרב פרץ. "אין. פעם אחת. אתם יודעים מה, גם לא ברמז. אתה יודע מה, 90 אחוז מהערבים לא יודעים מה כתוב בקוראן. אני אומר לך את זה, באחריות. אנחנו יודעים טוב מהרבה מהם". 
על מסגד אל אקצה אמר הרב פרץ "מה זה מסגד אל-אקצה, אתם יודעים? תעשו לי מקדש בקצה. בקצה של מה? של מכה! בקצה של חצי האי ערב. כיפת הסלע זה לא בקצה ולכן אמרתי: זה רק לכבוד. אין לזה שום משמעות דתית לאסלאם. והם עושים את זה בקצה של הר הבית, אבל לאן הם משתחווים? למכה. האחוריים שלהם מופנים להר הבית. אז מה הם עושים על הר הבית?".

הרצאתו של הרב נמשכה קרוב לשעה ומצפיה בה נראה כי הרב מתכוון לדברים. יצוין כי ההרצאה לא נתנה לתלמידים כאשר הרב לובש מדים אולם הוא, באמצעות דובר צה"ל ביקש להבהיר כי דבריו הוצאו מהקשרם. "הדברים הוצאו מהקשרם ואינם משקפים את עמדתו של הרב הצבאי הראשי" נמסר בתגובה שהועברה מדובר צה"ל. "הרב מצר באם דבריו פגעו באוכלוסייה הערבית".