במקביל לחקירת הרשות לניירות ערך בפרשת בזק הורה דירקטוריון החברה על בדיקת פוליגרף לכמה עובדים כאשר השם המעניין ביותר ברשימה היא עורכת הדין לינור מולכו יוכלמן, היועצת המשפטית של הקבוצה, כך פורסם הערב (שני) במהדורת "החדשות". על פי הפרסום, היא נשאלה האם האזינה לישיבות דירקטוריון ולוועדות בלי שהשתתפה בהן. יוכלמן ענתה בשלילה ונמצאה כדוברת אמת. מבזק נמסר כי "אנחנו מבצעים בדיקה אך לא יכולים למסור פרטים כיוון שהיא בעיצומה אך היא אינה קשורה לחשדות הנחקרים".

במהלך החקירה ברשות לניירות ערך נבדק חשד לביצוע עבירות פליליות ובכלל זה עבירות דיווח, קבלת דבר במרמה, מרמה והפרת אמונים בתאגיד ועבירות שיבוש מהלכי משפט. החקירה נוהלה ע"י מחלקת חקירות מודיעין ובקרת מסחר ברשות ניירות ערך ובמהלכה בוצעו חיפושים רבים ונגבו עדויות ממאות מעורבים ועדים ולוותה על ידי מחלקת ניירות ערך בפרקליטות מחוז ת"א (מיסוי וכלכלה). 

שלושת החשודים המרכזיים בפרשה הם יו"ר החברה, שאול אלוביץ', המנכ"לית סטלה הנדלר ומנכ"ל משרד התקשורת, שלמה פילבר. במסגרת חקירה סבוכה, מסועפת ומרובת פרשיות זו, הגיעה מחלקת חקירות של רשות ניירות ערך למסקנה כי קיימת תשתית ראייתית, לכאורה, המבססת את מעורבות החשודים המרכזיים בתיק בעבירות.

במסגרת תיק חקירה זה נחקרו מספר פרשיות הנוגעות להתנהלות חשודה של גורמים בכירים בחברות בזק, YES ו"חלל" וכן של מספר עובדי מדינה הקשורים מתוקף תפקידם בממשקי עבודה מול חברת בזק. הסעיפים המרכזיים הם קבלת כספים במרמה, הדלפת חומרי ועדה בלתי תלויה לבעל השליטה בחברה ומקורביו וקידום אינטרסים של בזק במשרד התקשורת.

החשדות הן בעיקר על ביצוע עבירות פליליות של נושאי משרה בחברות YES ובזק, אשר היו אמורים לזכות שלא כדין את בעל השליטה בחברת בזק בסך של כ-170 מיליון ש"ח. זכאותו לכאורה של בעל השליטה לסכומים אלה נגזרה מהוראות הסכם עסקת בזק – YES אשר התנה תשלומים אלה בעמידת חברת YES ביעדים פיננסיים שנקבעו. דיווחי החברה בדבר עמידה ביעדים אלה הושגו לאחר שורה ארוכה ושיטתית של פעולות מלאכותיות במערך התשלומים, הרכישות וההשקעות של החברה אשר כל תכליתן, על פי החשד, הייתה להעשיר את קופת בעל השליטה.