"אנו נדרשים לשמר את דמותנו ואת עשייתנו בליבת ההסכמה הישראלית", נכתב באיגרת הרמטכ"ל גדי איזנקוט למפקדי צה"ל על העברת תחום התודעה היהודית מהרבנות הצבאית לאכ”א. בראש הענף יעמוד כנראה קצין בכיר מהרבנות הראשית, אולם הסמכות העליונה הוצאה מהרבנות והועברה לראש אכ”א. הצעד הזה הביא את מרבית הציונות הדתית לקרוא למנהיגיהם להשיב מלחמה שערה.
שתי תפיסות עומדות זו מול זו. האחת רואה ברבנות הצבאית מחלקה טכנית שתפקידה מתן שירותי דת, והאחרת רואה ברבנות הצבאית אחראית להטמעת היהדות וחיזוקה בתוך אחד מסוכני החברות החשובים בחברה. לכן גם כשסוגיית האחריות לתודעה היהודית תרד מסדר היום, החיכוך האידיאולוגי לא יתפוגג. החלטת הרמטכ"ל פוגעת במוקד כוח שלא צריך היה להיווצר מלכתחילה, וספק אם לא צפויות התנגשויות נוספות.
זה שנים שהרבנות הראשית חודרת לעולם התוכן של צה"ל ומעמידה בסכנה עקרונות צה"ליים בסיסיים. כל עוד הגישה בצה"ל, כמו במערכת החינוך, הייתה "מה רע בקצת יהדות?", הרחיבה הרבנות את היריעה וחדרה לתחום סמכותו של חיל החינוך. אלא שתכנים דתיים אינם עולים בהכרח בקנה אחד עם יסודות הצבא. יש בהם פוטנציאל להדרת נשים, לעימות בין פסיקות בתוך הצבא ומחוץ לצבא, לסירוב פקודה, והתייחסות אפשרית למלחמות כמלחמת דת – אלה אינם עומדים בקריטריונים של צבא מודרני.
הקמת הרבנות הצבאית הייתה מעשית - לתת פתרונות לבעיות העולות בניסיון לשלב שירות צבאי והלכה ולהקל על חיילים דתיים. פקודות המטכ”ל תחמו את פעילות הרבנות לתחומי שבת, כשרות, חללים והווי דתי. עיקר עבודתה היה טכני, אף שהרבנות בהגדרתה העצמית פעלה לחיזוק היהדות וקיום מצוות.
כניסת הרב הצבאי ישראל וייס בתחילת שנות האלפיים הביאה את הרבנות להתעסקות ב”רוח הלחימה”. הרבנות הגדירה את תפקידיה מחדש והחלה לעסוק בעיצובו הרוחני של החייל – לא עוד שירותי דת טכניים, אלא עיצוב עולם התוכן של כלל המשרתים בצה”ל. ללא פיקוח או הסדר הורחבו תחומי עיסוקה לנושאים כמו זוגיות, משפחה ומוטיבציה, וספק אם יש לזה מקום בצבא.
הרב הצבאי אביחי רונצקי הכריז עם כניסתו לתפקיד כי “חייל המחובר למקורותיו יהיה חייל טוב יותר”. במידה רבה כהונתו של רונצקי הביאה לשינוי הגדול ביותר, הרבנים הצבאיים הפכו “כוהן, משוח מלחמה”, זה שניצב לפני החיילים טרום הקרב ומפיח בהם מוטיבציה, כפי שעשה רונצקי במבצע עופרת יצוקה.
הרבנות הפכה לכלי חינוכי עבור הציבור הדתי־לאומי ומוקד כוח של קבוצה באוכלוסייה שכוחה הולך וגדל בתוך זרועות הביטחון ובפוליטיקה. הודעתו של הרמטכ”ל היא ניסיון מאוחר לאזן את זליגת התכנים הדתיים וליצור שילוב ראוי יותר בתוך הצבא.
עבור הציונות הדתית זה אובדן עוגן כוח. זה בכלל לא דת - זה פוליטיקה. התודעה היהודית אינה לב לבה של הרבנות הצבאית. מתוך 68 שנות פעילותה, היא עוסקת בזה רק בעשור האחרון. ברור שהציונות הדתית מתקוממת, זה טבעי, אולם אם הצבא הוא צבא המדינה, השינוי של הרמטכ”ל הוא הכרח. הציונות הדתית כבשה עוד נדבך, וגם במקרה זה היא טוענת שאין כיבוש והכל אשמת השמאל.