מדינת ישראל החליטה שלא לשתף פעולה עם ועדת שאבאס החוקרת את אירועי מבצע "צוק איתן" ומנעה את כניסתם לארץ של חוקריה ובראשם הפרופ' ויליאם שאבאס והמשלחת נשארה בירדן. חברי הועדה ביקשו להיכנס לארץ ולהתחיל לחקור את אירועי המבצע האחרון, אולם בממשלה החליטו שלא לשתף פעולה עימם באופן רשמי ולמנוע את כניסתם לארץ. 

ועדת "שאבאס" מונתה על ידי מועצת האו"ם לזכויות אדם בז'נבה כדי לחקור את החשדות לפשעי מלחמה שבוצעו לכאורה על ידי ישראל וחמאס במהלך ימי הלחימה בקיץ האחרון. ראש הוועדה הפרופ' שאבאס קרא לישראל לשתף פעולה עם חבריה ודחה את ההאשמות כי הוא אנטי-ישראלי. "אני לא שונא את ישראל, ביקרתי בישראל פעמים רבות", אמר שאבאס, "כבר עם הקמתה של הועדה היא עוררה סערה וכבר אז החליטו להתייחס אליה כאל משחק מכור מראש".

בהודעה יוצאת דופן בחריפותה מפרט משרד החוץ את הסיבות שהביאו להחלטה שלא לשתף פעולה עם הועדה: "לאור העובדה כי ועדת שאבאס היא איננה ועדת חקירה אלא ועדה שתוצאותיה ידועות מראש וכל עניינה הוא העמדת פנים כאילו מתבצעת איזושהי חקירה בטרם פרסום המסקנות, הוחלט בדיונים שהתקיימו בנושא בהשתתפות כל הגורמים הרלוונטיים, כי מדינת ישראל לא תשתף פעולה עם הוועדה שהוקמה על ידי המועצה לזכויות אדם של האו"ם, לחקירת העימות בין חמאס לישראל. ההחלטה התקבלה נוכח העוינות האובססיבית של המועצה כלפי ישראל, המנדט החד צדדי של הוועדה והעמדות המוצהרות של יו"ר הוועדה נגד ישראל ומנהיגיה".

פרופ' וויליאם שאבאס. נשאר מחוץ לישראל. צילום מסך: יוטיוב

"בזמן שחמאס שיגר אלפי רקטות לעבר ישראל, קיבלה המועצה לזכויות אדם של האו"ם החלטה שקובעת מראש את "אשמתה" של ישראל והקימה ועדת חקירה שתשמש חותמת גומי לעמדותיה הידועות. עדות לכך ניתן למצוא גם במנדט הוועדה שהונחתה לחקור את האירועים שהתרחשו רק אחרי החטיפה והרצח של 3 הנערים הישראלים על ידי ארגון הטרור חמאס".

פרופ' שאבאס אמר ב-7 בינואר 2013 כי "השאיפה שלי היא שנתניהו יועמד לדין בבית המשפט הפלילי הבינ"ל" (הוא קשר זאת למבצע "עופרת יצוקה" מ-2009, במהלכו היה נתניהו בכלל ראש האופוזיציה).

ב-26 בדצמבר 2010 הוא כתב: "נתניהו הוא האיום הגדול ביותר על קיומה של ישראל", בהתבטאות נוספת על מבצע "עופרת יצוקה" אמר שאבאס: מדוע אנו מעמידים לדין בבית המשפט הפלילי הבינ"ל את נשיא סודן על דרפור ולא את הנשיא פרס על עזה?

שאבאס גם הגן על נשיא איראן לשעבר אחמדיניג'אד, וטען כי קריאותיו החוזרות "למחוק את ישראל מהמפה" אין בהן "קריאה לרצח עם" והן מהוות "דעות פוליטיות" בלבד. בראיונות בתקשורת סרב שאבאס לכנות את חמאס "ארגון טרור" זאת למרות שהוא מוגדר כך בארה"ב, באיחוד האירופי, בבריטניה, בקנדה ובמדינות רבות נוספות.

עוד הוסיפו במשרד החוץ כי "ישראל מחויבת לדין הבינלאומי ובמהלך מבצע "צוק איתן" פעלה כדי לעמוד בסטנדרטים ובכללים החלים על מדינות שנאבקות בטרור, וזאת בניגוד לחמאס שביצע במכוון פשעי מלחמה מחרידים. מדינת ישראל כבר מפעילה מנגנוני בדיקה וחקירה בהקשר של מבצע "צוק איתן". מנגנונים אלה עומדים בסטנדרטים הבינ"ל הגבוהים ביותר".