הרב יאשיהו פינטו הגיע הבוקר (שני) ארצה והובהל לבית החולים לאחר שחש ברע. 
במהלך הטיסה לארץ, זמן קצר לפני הנחיתה בנתב״ג, הרב חש ברע ומיד עם נחיתת המטוס, הועבר לטיפול במרכז הרפואי איכילוב בת״א, עקב מחושים בחזה ושינויים בא.ק.ג. 
לדברי בית החולים, בבדיקות הרפואיות התברר כי הרב סובל מלחץ דם גבוה. הרב עבר צינתור בדיקתי בו התברר שהוא סובל מסתימה בכלי דם ולכן הושאר לאישפוז ולהשגחה רפואית במחלקה הקרדיולוגית בבית החולים.

הרב פינטו הגיע לארץ בניגוד לעצת הרופאים המטפלים בו בארה״ב וזאת לאחר שבמהלך השבועות האחרונים הוא עבר שלושה ניתוחים.

כזכור בחודש מרץ לא התייצב פינטו לדיון בבית המשפט בשל מצבו הרפואי. עורך דינו של הרב פינטו, עו"ד אייל רוזובסקי, ביקש צו איסור פרסום, לאחר שהרב נותח ולא התייצב בבית המשפט המחוזי בתל אביב, על מנת לשמוע את כתב האישום שלו.

חמישה גידולים סרטניים וטיפולי כימותרפיה אינטנסיביים
בראיון למעריב שפורסם בחודש שעבר, סיפר הרב לראשונה על מצבו הרפואי. כשהיה בשנות העשרים לחייו התגלה אצל הרב גידול סרטני. מאז ועד היום התגלו בגופו חמישה גידולים סרטניים. במסגרת הטיפולים גם עבר כריתה של אברים רגישים. בראיון סיפר הרב כי הוא צפוי  לעבור ניתוח להסרת גידול סרטני בראש, ניתוח מסובך שצפוי לארוך שעות ארוכות.

הטיפולים הביאו אותו בצעירותו למנהטן. בבדיקה שגרתית בבית החולים ״סול קייטרינג״ בניו יורק, שנערכה מספר ימים לאחר סיומו של הראיון התברר כי סרטן הערמונית התפשט אל עבר הבטן התחתונה, הרב החל בטיפולי כימותרפיה אינטנסיביים. בינואר האחרון עבר פינטו בדיקות MRI והתוצאות שחזרו לא הכילו בשורות טובות: הגידול נמצא על מערכת העצבים ונשקפת סכנה מיידית וממשית לחייו. 
 
בינואר 2012 פרסם ״הניו יורק טיימס״ תחקיר, לפיו גרים קיבל תרומות לא חוקיות מחסידיו של הרב יאשיהו פינטו, למימון מסע הבחירות שלו בשנת 2010. הפרשה נחשפה ואז התברר: גרים נחשד במעורבות בסחיטה של אשת הרב, דבורה פינטו. במקביל לפרשה האמריקאית המשטרה בישראל החלה לבדוק חשדות נגד אחד מחסידיו של הרב, אברהם ישראל, שעמד בראש עמותת ״חזון ישעיה״. 
הפרשה הזו, שהולידה כתב אישום נגד אברהם ישראל, הובילה לפרשה אחרת: פרשת פינטו הישראלית שמערבת שני קצינים בכירים: ניצב מנשה ארביב, לשעבר מפקד להב 433 (ה-FBI הישראלי - א.ז) ותנ״צ אפרים ברכה, ראש ראש היחידה הארצית לחקירות הונאה. שניהם חסידים של הרב.

על פי כתב האישום שהוגש בארץ נגד הרב פינטו, במסגרת הסדר הטיעון, הרב ניסה, על רקע התלונות בפרשת חזון ישעיה, לתת שוחד לתנ״צ ברכה ואפרים על מנת שיגלה לו פרטים מהחקירה. ברכה, כך על פי הפרקליטות, סיפר למפקדיו והסגיר את הרב.