משרד המשפטים הודיע הערב כי בניגוד לפרסומים, לא התקבלה כל החלטה לפתוח בחקירה נגד תנ"צ אפרים ברכה ז"ל, וכי כל פרסום הטוען ההפך הינו שקר גס. על פי ההודעה, התגובה באה בהמשך ל"פרסומים כוזבים" של העיתונאי יואב יצחק.
מותו של תנ"צ אפרים ברכה ממשיך לעורר הדים. במשטרה מתקשים לעקל את הסתלקותו הטראגית של מפקד יאח"ה וקצין בכיר אמר הערב (ראשון) על חברו הקרוב: "זה אדם יקר לי. אני לא מסוגל לדבר עליו. אני מקווה שעבורינו ועבור המשפחה יהיו ימים טובים יותר".
קצין בכיר אחר הוסיף: "שתו את דמו בתקופה האחרונה בסיפורים וגיבובי שקרים. אני לא יודע אם הוא התאבד בגלל התקשורת. אני לא רוצה להיות פזיז, אבל זה עשה לא טוב. היה לו קשה לשאת את מה שאמרו עליו. הלחץ עליו היה עצום ובתוך כל זה הוא היה אמור לפקד על חקירות גדולות ובהיקפים אדירים".
במשטרה לא פוסלים אפשרות שחיבור של כל הנושאים יחד הובילו למעשה הטראגי. "היו עליו איומים מעבריין בכיר שהכניס לכלא וחיכה בחירוף נפש ליום השחרור של ברכה כדי לנקום. היתה עליו ועל בני משפחתו שמירה הדוקה במשך תקופה ארוכה. הוא לא נבהל והתבטא כמי שמוכן למות בשביל המשטרה. יכול להיות שכל האמירות שהופנו לעברו - זה היה גדול ממנו כל האמירות בחוץ שהופנו לעברו. כבוד וצניעות היו מרכיב חשוב בחייו וכאן נחצה המחסום הזה".
מפכ"ל המשטרה היוצא, רנ"צ בדימוס יוחנן דנינו אמר בתגובה להתאבדותו של ברכה: "חשתי כאב גדול ועצום עם קבלת הידיעה המרה. ברגעים שכאלה חיבוק המשפחה ושמירה על כבודו הם המעשה הנדרש, כל היתר צריך להידחות להמשך".
חבריו של ברכה לפיקוד המשטרה אמרו כי פרשת פינטו לא הרפתה ממנו. "זה רדף אותו. הוא קיווה שעצם העובדה שיספר על העניין תציג אותו כאדם הגון והוא לא רצה להתחיל לפתוח סאגה נגד הרב שהוא הרבה לבקר בחצרו. הוא פשוט ידע את הכח של הרב פינטו והעוצמה של קהל מעריציו ולא בכדי הוא סיפר לאנשים ש'הם רוצים שאתאבד אחרי הסיפור הזה אבל אני לא אכנע להם. כיבדתי את הרב מאד, אבל אחרי שהוא התחיל להפיץ שמועות אני לא מסוגל יותר'.
למרות שלטענת רבים המעשה הנורא היה לא צפוי, כנראה שבכל זאת הימים האחרונים הדליקו נורה אדומה אצל מקורביו של ברכה. אולי המעשה הנורא גרם לה להידלק בדיעבד.
במסיבת הפרידה מדנינו הוא הגיע לבוש במדים אולם התבודד ולא הרבה לשוחח עם האנשים במקום. "עוברת עליו תקופה לא קלה, חשבתי לעצמי", אמרה קצינה בכירה במשטרה, "ולכן ההתרחקות שלו מאנשים נראתה לי טבעית. הוא כבר לא ידע על מי הוא יכול לסמוך".
היציאה שלו בשעת בוקר מוקדמת עוררה חשש גם בקרב בני משפחתו שמיהרו ליצור קשר עם חברו הקרוב ביותר תנ"צ אבי נוימן שדאג ליצור קשר עם משטרת מודיעין ואחרי שנעשה איכון לטלפון שלו יצאו למקום שוטרים שמצאו את הרכב ברחוב עמק האלה ובתוכו הקצין הבכיר ללא רוח חיים.