הפינוי בבית הכנסת בעמונה, שהיה המעוז האחרון של מתבצרי המאחז הפך לאלים, כאשר השוטרים הותקפו על ידי הצעירים המתבצרים במקום בחומר חומצתי, בגז מדמיע ובמטפי כיבוי. חמישה שוטרים נפצעו באורח קל בפינוי האלים. כוחות הביטחון הגיבו גם הם לפי הדיווח באלימות כלפי המתפרעים.
לאחר שפונה בית הכנסת והסתיים למעשה פינוי המאחז, נראו כתובות שרוססו על קירותיו. בין היתר נכתב: "מוות לציונים", "דש מהגבעונים", "ציונאצים","משטרת ישמעאל" כמו כן צויר צלב קרס.
יונה, אחד המתבצרים, סיפר לערוץ 10 במהלך הפינוי האלים: "אני בבית הכנסת, מה שקורה פה זה בושה למדינת ישראל, אני הייתי באמצע בית כנסת, לא יודע מה ראיתי, אני מרגיש גזים, יש לי אסטמה. קשה לי לנשום, שופכים עלינו מים. אנחנו כבר יומיים פה, בקושי עם אוכל".
לדבריו, "היס"מניקים הרביצו פה לאנשים, שפכו גזים. אני חייב להגיד שהיס"מניקים זורקים כיסאות, מרביצים לאנשים, זה פשוט עצוב. אני יומיים בגשם ובקור".
עוד אמר יונה: " האלימות היא רק מצד המשטרה. הם מרביצים לאנשים. הכל מתועד. מעלים את זה לפייסבוק שכל המדינה תראה. זה ממש עצוב. זה מקום קדוש. אני כרגע עם הרבה אנשים בתוך בית הכנסת, אף אחד לא ניגש אלי כי יש אנשים לפניי. לא הגיעו אליי עדיין".
צעיר נוסף שהתבצר בבית הכנסת והוצא בכח על ידי השוטרים סיפר בהתרגשות לחדשות 2: "פשוט מישהו הגיע, חשב שאני צילמתי, כי היה לידי מישהו שצילם, רק ישבתי ליד הרב, חטפתי בוקס בחזה. לא עשיתי כלום. כואב לנו מאוד. אני בוכה על כבוד בית הכנסת".
"אנשים מכבדים את בית הכנסת", סיפר עוד הצעיר. "היה להם קשה שהם יודעים שבעוד רגע הולכים להרוס אחד כזה בארץ ישראל. קשה לי, זה מאוד עצוב. כואב שחברים שלי ניסו להגן על ארץ ישראל, והיו צריכים להתנהג ככה. לא נקטתי באלימות, ויש סמכות של רבנים. ראיתי מפקד שאומר לשוטר לא לפוצץ מכות".