מבקר המדינה יוסף שפירא ביקש מהיועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט לקבל את חומרי חקירת נתניהו-מוזס - תיק 2000 - כך דווח הערב (חמישי) בחדשות 2. לדעת המבקר, בשלב זה ישנו חשד אמיתי שהחינמון "ישראל היום" מהווה תרומה פוליטית אסורה. היועץ השיב לו כך: "אעביר לך את כל החומר בתום החקירה הפלילית, שכן זו קודמת לבדיקה".
זאת לאחר ששלמה פילבר, מנכ"ל משרד התקשורת, הגיש לוועדת הבחירות המרכזית בשנת 2015 תצהיר בשם נתניהו לפיו אין לו קשר כלשהו לעיתון, לעריכתו או לתכניו. בעבר הגיעו תלונות למבקר הקודם מיכה לינדנשטראוס וליועץ המשפטי לממשלה הקודם יהודה ויינשטיין. הוא העביר את המידע לבכירי משרדו, שבדקו את העניין ואמרו שיש חשד אמיתי לפיו ישראל היום מהווה תרומה פוליטית אסורה, אך העניין קשה להוכחה.
נתניהו ומוזס שוחחו על הצעה לסגירת העיתון ישראל היום
כזכור, פרשת 2000 נחשפה בחודש שעבר בחדשות 2. האיש במרכז הפרשה הוא המו"ל של "ידיעות אחרונות", ארנון (נוני) מוזס, שנחקר בפרשה ושוחרר בתנאים מגבילים. הוא שוחח עם עם נתניהו לפני חודשים, על הצעה לסגירת "ישראל היום", ובאופן ספציפי - סגירת גיליון השבת, שמתחרה במוסף הדגל של ידיעות, שבעה ימים. מוסף זה של ישראל היום התחיל לצאת בסתיו 2009, כך שאפשר למקם את הפרשה בתחילת הכהונה השנייה של ראש הממשלה. הפרשן אמנון אברמוביץ' ציין כי "ערב בחירות 2009 ישב נתניהו עם מכר ושאל אותו 'יש לך השפעה על נוני מוזס? תברר אם במידה ואני אסגור את העיתון, האם ישתנו היחסים איתו'".
כמו כן נחשף על ידי בן כספית, כי ההקלטה בין השניים נמצאה במהלך חקירתו של ראש הסגל לשעבר של נתניהו, ארי הרו, החשוד גם הוא בעבירות של מרמה. במהלך החקירה בעניינו של הרו, תפסו השטרים חומרים רבים בביתו, בהם מסמכים, מחשבים וטלפונים ניידים, אז נתקלו החוקרים בתיעוד השיחות בין נתניהו למוזס. במהלך חקירתו של הרו נטען כי בוצעו ניסיונות לגרום לו להפוך לעד מדינה, אך האחרון סרב.