פרשת הצוללות הופכת לחקירה פלילית. פרקליט המדינה שי ניצן החליט, על דעת היועץ המשפטי לממשלה, ד"ר אביחי מנדלבליט, להרות למשטרה לפתוח בחקירה פלילית בנושא רכישת הצוללות והספינות הגרמניות, כך נודע הערב (שני). ההחלטה התקבלה על רקע המידע שנאסף על ידי המשטרה במסגרת הבדיקה שהתנהלה בחודשים האחרונים ולאור איסוף ראיות שהעלו חשד סביר נגד חלק מהמעורבים בפרשה לביצוע עבירות מתחום השחיתות הציבורית.
לפני כשלושה שבועות דווח בחדשות 2 כי מי שצפויים להיחקר הם עורך דינו של ראש הממשלה, דוד שמרון, מפקד חיל הים לשעבר, אליעזר (צ'ייני) מרום, ונציג המספנה הגרמנית בישראל, מיקי גנור. על פי ממצאי הבדיקה, ראש הממשלה בנימין נתניהו אינו בגדר חשוד בפרשה.
הפרשה נחשפה לראשונה ע"י בן כספית במעריב, שחשף כי עו"ד שמרון, כאמור פרקליטו האיש של נתניהו, ייצג את החברה הישראלית ששימשה כמתווכת בעסקה לרכישת שלוש צוללות מגרמניה. לפי הדיווח, נציג המספנה מיקי גנור הוביל יחד עם שמרון מהלך שמטרתו הייתה לאפשר לכלי השיט שלא להיות מחויבים בקבלת תחזוקה במספנת חיל הים, אלא במספנה של חברה פרטית שתוקם במיוחד לצורך העניין.
בנובמבר חשף העיתונאי רביב דרוקר בערוץ 10 התכתבות שקרתה, לכאורה, בין היועץ המשפטי של משרד הביטחון עו"ד אחז בן ארי, למנכ"ל המשרד דן הראל, שממנה עולה כי עורך הדין דוד שמרון פנה אל בן ארי, על מנת שהקונצרן תיסנקרופ, אותו הוא ייצג, אכן יקבל את המכרז הגדול לכלי השיט אותן חיפשו בישראל על מנת שיגנו על אסדת הגז. על פי דרוקר, מייל, שנשלח ב-22.3.14 ב-16:00 אחר הצהריים, מציג את הפנייה של עורך דינו של ראש הממשלה ליועץ של משרד הביטחון. אם אכן מדובר בעובדות, מדובר על מהלך שנעשה בניגוד להצהרתו, שהוא לא שוחח עם גורם בכיר של הממשל בישראל.
במייל ששלח עורך הדין בן ארי למנכ"ל המשרד, דן הראל, נכתב: "חוץ מזה שקיבלתי עותק של פניית ראש מל"ל אליך (אז יוסי כהן), התקשר אליי עו"ד דוד שמרון, שמייצג את תיסנקרופ, וביקש לדעת האם אנחנו עוצרים את הליכי המכרז על מנת לשאת ולתת עם לקוחותיו, כפי שנתבקשנו על ידי ראש הממשלה.
שמרון עצמו אמר בתגובה לכתבה: "לא אמרתי לעו"ד אחז בן ארי דבר על ראש הממשלה. גם לא ידעתי דבר על בקשת ראש הממשלה שעליה אני למד רק עכשיו בתקשורת, ועל חיבור הדברים ע"י בן ארי. הפירוש היחיד שיש למייל זה, אם הציטוט אכן נכון, הוא שאחז בן ארי ידע על בקשת ראש הממשלה, שעליה לא היה לי שמץ של מושג. לא היה לי שמץ של מושג על מעורבות ראש הממשלה בעניין הספינות, כל פירוש אחר אינו מתחבר לאמת".
הקביעה שראש הממשלה אינו חשוד בפרשה מגיעה ככל נראה משום שהוא הכחיש שידע על מעורבותו של שמרון. לטענת נתניהו, עורך דינו מעולם לא שוחח עמו בנושא צוללות, או כל נושא אחר הקשור בלקוחותיו. מלשכת ראש הממשלה נמסר כי "הפעם הראשונה שבה נודע לראש הממשלה שעו"ד שמרון מייצג גורם עסקי הקשור לפרויקט הצטיידות של חיל הים הייתה כשערוץ 10 פנה לבקשת תגובה".
חבר הכנסת אראל מרגלית (המחנה הציוני), שהיה ממובילי הקריאה לחקור את ראש הממשלה בפרשה, ואף עתר לבג"ץ בנושא, אמר בתגובה, כי "פתיחת חקירה פלילית בנושא כלי השייט והצוללות הוא צעד בכיוון הנכון אך לא מספק. הניסיון למסמס את החשדות נגד רה"מ בפרשה לא יצלח. אנו מצפים מהיועמ"ש להגיש עד יום רביעי תגובתו לעתירה ולהבהיר מדוע החשדות נגד רה"מ, שהכניס את אנשיו לעסקה וביטל באופן לא חוקי את המכרז, נמצאות עדיין תחת חסותה של בדיקה ולא חקירה. רק בישראל כולם נמצאים בחקירה, ורק ראש הממשלה ממשיך להישאר ב'בדיקה'".