בתשובה לשאלה האם הפקודה נוסחה בדו שיח עם רבנים וראשי קהילות דתיות בישראל, ענה דובר צה"ל כי הפקודה "נכתבה על פי צרכי הצבא ולפי איך שהרמטכ"ל חושב שצריך לנהל אותו. במהלך המימוש שלו דיברנו עם חיילים בצה"ל וגם עם רבנים, נציגי ארגונים, אבל ההחלטה הייתה של הצבא", וכאשר נשאל בקשר להתבטאויות של רבנים, אשר קראו לרמטכ"ל גדי איזנקוט להתפטר, סירב מנליס להתייחס לרבנים ספציפיים, אך אמר: "מי שנושא משרה ציבורית, יש לדברים שלו השפעה ואנשים מקשיבים לו, צריך להימנע מאמירות מיותרות. אמירות שעדיף שלא היו נאמרות, בוודאי לא כלפי אדם שהקדיש 40 שנה יום ולילה לביטחון ישראל".
לבסוף אמר מנליס כי הפגישה בין הרב הצבאי הראשי אייל קרים, לבין הראשון לציון הרב יצחק יוסף לא בוטלה בגלל אף הנחייה של אף גורם, והיא בוטלה בגלל נסיבות טכניות וכבר נקבעה פגישה חדשה במקומה, והבהיר כי אין "הנחייה שלא להיפגש עם הרב הראשי לישראל".