רשות המסים אינה זוכה לפופולאריות רבה בקרב הציבור, שאינו נהנה להעביר חלק ניכר ממשכורתו למדינה. אך אם הוא כבר עושה זאת, לא היה רוצה הציבור לדעת שרשות המסים פועלת בחוכמה וביעילות? על פי מבקר המדינה, לא כך הדבר - בדוח שמפרסם היום עולה ביקורת על אופן ניהול הוועדות המקצועיות ברשות המסים. 
מהדוח עולה, בין היתר, כי יש מחסור בגורם המרכז את מדיניות המס במשרד האוצר וכי סדרי העדיפויות לביצוע שינויים במדיניות מס נקבעים "באופן מתגלגל" משנה לשנה - ולא על פי תוכנית עבודה סדורה. בדוח מצוין כי בשנת 2016 הסתכמו הכנסות המדינה ממיסים ב-276.1 מיליארד שקל. המציאות הכלכלית המשתנה מחייבת את התאמת המעטפת החוקית, הנורמטיבית והתפעולית של הרשות, וזו נעשית לרוב באמצעות ועדות מקצועיות לטיפול בסוגיות מס מסוימות. ועדות אלו אמורות לשמש כלי לאיתור כשלים ולסיוע בקביעת מדיניות מס ויישומה. 
משרד מבקר המדינה סקר עשרות ועדות מקצועיות שהוקמו, או שהוצהר על הקמתן ברשות, ומצא כי לגבי כמחצית הנושאים לא הוקמה לבסוף הוועדה או שהרשות לא איתרה אסמכתאות לקיומה ולפעילותה. לדוגמא, בנושאים כמו שיתופי פעולה בין מע"ם למס הכנסה, בחינה מחדש של המדיניות הרוחבית בנושא פיקדונות בבתי אבות ובחינת הפרדת נכסים בעת גירושין – כלל לא קמה ועדה.

עוד מצא המבקר כי ברשות לא מתקיים מעקב אחר עבודת מרבית הוועדות המקצועיות; כי לא קיים "זיכרון ארגוני" וכי במקרים מסוימים הדיון בנושא בוועדה מסוימת לא הגיע לכדי סיום והנושא הועלה שוב לאחר כמה שנים וכי חלק מהוועדות סיימנו את עבודתן אפילו שנים, לאחר תאריך היעד שהוגדר להן.
עוד מציין המבקר כי "למרות פעולת עשרות רבות של ועדות לאורך השנים במסגרת רשות המיסים, באתר הרשות מפורסמים רק עשרה דוחות של ועדות מקצועיות שפעלו בשנים 2002 – 2016". 
המבקר ממליץ כי "לנוכח ההשפעות הרוחביות של מדיניות המס גם על היבטים אחרים בניהול המדיניות הכלכלית בישראל, כמו השפעות על שוק הדיור, שוק ההון, תקציב המדינה וכו', מן הראוי שגוף מתכלל אחד במשרד האוצר ירכז את המידע הרלוונטי מהגופים השונים".

לא מתבצעות המלצות שנכתבו בעקבות פרשת רשות המיסים



בעקבות פרשת רשות המיסים שנחשפה בינואר 2007 בה הורשעו ארבעה מבכירי הרשות ובהם מנהל הרשות דאז וסמנכ"ל משאבי אנוש דאז, בעבירות של מרמה והפרת אמונים, במרץ 2009 מונה היועץ המשפטי דאז של הרשות לעמוד בראש ועדה להפקת לקחים בעקבות גילויים שעלו מהפרשה. 

הוועדה הגישה המלצותיה למנהל הרשות במרץ 2011 והוא הודיע כי הוא מאמץ את ההמלצות. בחודשים ספטמבר-נובמבר 2017 בדק משרד מבקר המדינה את יישום המלצות הוועדה ומצא כי חלק מהליקויים לא טופלו.
אין התייחסות לפתיחה והעברה של תיקים בין משרדי השומה ובתוכם ולכן יש לפעול לעיגון נהלים בנושא ולמחשב את התהליך, אין בקרה מספקת על קביעת השומה כך שלא ניתן לאתר שומות שנעשו בטעות - יש לעקוב אחר התהליך באופן שוטף כדי לייעל את התהליך ולמנוע טעויות. אין נוהל המחייב לתעד באופן מלא בתיק הנישום היוועצויות עם המפקח המקצועי ועם המפקח המשפטי בתהליכי השומה כך שעל הרשות לקדם בניית מערכת לעריכת מעקב ממוחשב.

אין תוכנית להטמעת מדרג הסמכויות בכל המשרדים האזוריים ולכן על הרשות לבנות תוכנית כזו ולעגן את מדרג הסמכויות במערכת המחשוב כך ששומה לא תוכל להיות משודרת במחשב ללא אישור גורם מאשר. אין נוהל המחייב את העובדים המשמשים גם כמרצים במוסד אקדמי לחתום על הסדר ניגוד עניינים. משרד המבקר העיר כי על הרשות להשלים את ההנחיות הנוגעות לכפיפות וקשר תעסוקתי עם מייצגים, לתיקון טופס הבקשה ולעריכת הסדרי ניגוד עניינים במקרים המתאימים.

מרשות המסים נמסר בתגובה: "מרבית הנושאים אשר מצוינים בדוח קיבלו מענה מקיף וטופלו בפלטפורמות ודרכי פעולה שונות ובחקיקה, בהתאם לחשיבותם ולסדרי עדיפויות. רבות מהסוגיות זכו כאמור לטיפול במסגרת חקיקת המס הענפה שקידמה הרשות בשנים האחרונות. לבל נשכח כי המדובר בהמלצות של ועדה ואם הרשות נתנה מענה לנושאים שנבחנו, גם אם לא בפלטפורמה עליה המליצה הועדה, לא ברורה לנו הביקורת. 
 
"לעניין תכלול העבודה ופיקוח הנושא ברמת המטה, אנו מקבלים את הביקורת, הנושא מטופל ויטופל על מנת למצות עבודת הוועדות, לשמר הידע, לפקח ולטפל וליישם ההמלצות, ככל שהדבר נכון ומתאפשר".