לאחר שהורשע לפני חמש שנים בביצוע מעשה מגונה בכוח בצעיר שהגיע להתייעץ עמו, הרב מוטי אלון מסתבך בפרשת מין חדשה. לפני כחודש פנה אדם לראש ישיבת אור עציון הרב חיים דרוקמן ולרב העיר צפת הרב שמואל אליהו, והתלונן על פגיעה מינית שחווה מצד הרב מוטי אלון. פרטים על מהות הפגיעה המינית אינם ידועים לפי שעה, אולם גורם הבקי בפרשה טוען כי מדובר באירוע שהתרחש בתקופה האחרונה וחזר על עצמו מספר פעמים.
מערכת עובדה חשפה הבוקר (שלישי) כי המתלונן פנה בתחילה לפורום תקנה שהעביר את העיסוק בפרשה לרב דרוקמן ולרב אליהו, שצירפו אליהם את הרב יעקב אריאל על מנת שיכריעו שלושתם יחדיו. הרבנים הציעו בתחילה למתלונן לפנות למשטרה, אך הוא ביקש שלא לעשות כן והעדיף כי הטיפול ייעשה באמצעות הרבנים.
מערכת עובדה חשפה הבוקר (שלישי) כי המתלונן פנה בתחילה לפורום תקנה שהעביר את העיסוק בפרשה לרב דרוקמן ולרב אליהו, שצירפו אליהם את הרב יעקב אריאל על מנת שיכריעו שלושתם יחדיו. הרבנים הציעו בתחילה למתלונן לפנות למשטרה, אך הוא ביקש שלא לעשות כן והעדיף כי הטיפול ייעשה באמצעות הרבנים.
אתמול התייצב אלון בפני שלושת הרבנים והודה בנכונות התלונה, ואף התנצל בצורה כללית "בפני כל מי שנפגע". לדברי גורם הבקי בפרשה, אלון קיבל על עצמו את דרישות הרבנים להפסיק לתת ייעוץ ושיעורים ברבים, כמו גם קשר אישי עם תלמידים ואף יסגור את בית המדרש שלו. נוסף על כך הסכים אלון ללכת לטיפול פסיכולוגי על מנת למנוע פגיעות נוספות מצידו.
הפרשה כאמור, החלה להתגלגל כבר לפני חודש. בעקבות התערבות הרבנים, הסכים אלון להפסיק להעביר שיעורים. לפני כשבוע היה אמור להעביר שיעורים בפני קהל רחב, אולם הודיע כי הוא נאלץ לבטל עקב טיסה לחו"ל שאכן התבצעה, אולם הסיפור מאחורי הקלעים היה התלונה הנזכרת והתערבות הרבנים.
הרבנים שטיפלו בפרשה ביקשו שלא להגיב לכתבה. את תגובת הרב אלון לא היה ניתן להשיג.