על רקע המשפט המתנהל נגד לוחמי גדוד הנח"ל החרדי נצח יהודה, המואשמים באלימות קשה ובהתעללות בשני עצורים פלסטינים, שאותם הובילו למעצר לפני כחודש וחצי, מתנהל תיק חקירת מצ"ח נוסף, שבוחן את נסיבות פציעת ראש של עצור פלסטיני נוסף, שנעצר באותה פעילות. 
 
מצ"ח בודקת חשד לאלימות שהופעלה ללא צורך. עם זאת, יש לציין כי לא מדובר בממצא ודאי, ורק לאחר החקירה ניתן יהיה לקבוע אם העצור נפגע בעת המעצר עצמו, בנסיבות מבצעיות, או כתוצאה מאלימות שהופעלה ללא צורך מבצעי. הנאשמים בתיק החקירה המוכר, שבו מתנהלים כעת ניסיונות גישור, אינם חשודים בתיק הנוסף.
 
החקירה במקרה האחרון החלה לאחר שסגן מפקד גדוד נצח יהודה העיד במשטרה הצבאית כי לפני שהלוחמים העלו לרכב את האב והבן הפלסטינים (החשודים בסיוע למחבל ברגותי), שאותם הכו במהלך הנסיעה לבסיס, היה חשוד פלסטיני נוסף במקום. 
 

עוד לפני שכוח אחר לקח אותו לבסיס, הפלסטיני היה פצוע בראשו ונראו סימנים של דם קרוש על הקרקפת שלו. החוקרים הציגו בפני הסמג"ד את תמונת הפלסטיני והוא זיהה אותו בחקירה.
 
עוד התברר כי שוטרי מג"ב, שהגיעו לבסיס הצבאי כדי להוביל את העצורים לחקירת שב"כ, סירבו לקחת את האב והבן בשל פציעותיהם, שדרשו טיפול רפואי דחוף. הם התלבטו גם לגבי לקיחתו של הפצוע הפלסטיני הנוסף, אך בסופו של דבר הובילו אותו לחקירה ולכן גם לא הייתה אבחנה מיידית לגבי נסיבות פציעתו.
 
הפלסטינים נעצרו במבצע של הימ"מ, בשיתוף כוחות צה"ל, שבו נעצר גם המחבל עאסם ברגותי, שביצע את הפיגועים הקשים בעפרה ובגבעת אסף, שבו נהרגו שני לוחמים מגדוד נצח יהודה, חבריהם של החיילים המואשמים בהתעללות.
 
בשלב זה בצה"ל לא מצביעים על חשודים פוטנציאליים ומוקדם לקבוע אם מדובר באירוע נוסף שבו מעורבים לוחמי נצח יהודה. אף שהפעולה הייתה משותפת לצה"ל ולמג"ב, החקי'ה מתנהלת בצבא בלבד. רק אם יתגלה צורך חקירתי ישולבו גם גופי חקירה של המשטרה.
 
כמו במקרים אחרים, נלקח בחשבון שהחשוד הפלסטיני נפצע תוך כדי המעצר עצמו, דבר שקורה לעתים קרובות ונחשב לגיטימי כל עוד הוא מוצדק מבצעית. במקרה זה לא דווח על אירוע חריג בעת המעצר שהיה יכול להוביל לפציעתו של הפלסטיני, ולכן הוחלט על פתיחת החקירה. 
 
מדובר צה"ל נמסר: "האירוע נחקר במסגרת חקירת מצ"ח".