בעקבות הפרסום במעריב, ולאחר פתיחת חקירות המשטרה ומלמ"ב בפרשת חברת אירונאוטיקס, שלח לאחרונה בכיר לשעבר בתעשיות הביטחוניות מכתב למבקר המדינה, בו הוא מתריע משחיתות, לכאורה, בעסקת רכישת החברה על ידי רפא"ל. לדברי הבכיר, העלאת ההצעה של רפא"ל ל-850 מיליון שקלים תמורת רכישת חברת ייצור המל"טים תמוהה, זאת לנוכח התדרדרות שווייה בעקבות פתיחת החקירה.
כזכור, המנהלים הקודמים של החברה, כך על פי הודעת הפרקליטות, הואשמו וכעת מחכים לשימוע. הם חשודים בעבירות על חוק ייצוא ביטחוני, כאשר בנוסף מתקיימת חקירה נגד החברה על ידי הרשות לניירות ערך, בסוגיית הונאה ומניפולציה במניות.
במהלך החקירה החל העניין ברכישתה בקרב רפא"ל והתעשייה הצבאית. כתוצאה מהתחרות הבלתי מוסברת בין שתי החברות הממשלתיות, שמתעניינות בחברה פרטית, עלה הערך של החברה, על חשבון הציבור ל-850 מיליון שקלים.