הפלונטר הפוליטי עלול לעכב גם את ההחלטה על הארכת כהונתו של הרמטכ"ל אביב כוכבי, שימלאו לה שלוש שנים בינואר הקרוב. כהונת הרמטכ"ל נקבעת לשלוש שנים, אך בדרך כלל, אם אין נסיבות מיוחדות, היא מוארכת לארבע שנים.

לפני כשלוש שנים הגישה ח"כ לשעבר ציפי לבני הצעת חוק לקצוב את כהונתם של הרמטכ"ל והמפכ"ל לארבע שנים, ובכך למנוע מצב של תלות ידועה מראש שלהם בדרג המדיני. הצעת החוק הזו נדחתה, אבל בעבר כמעט בכל המקרים ההחלטה להאריך את כהונתו של הרמטכ"ל התקבלה חודשים לפני תום שלוש השנים.

לנוכח המצב הפוליטי, הנתק בין נתניהו לגנץ והאפשרות הסבירה שיהיו בחירות נוספות בספטמבר, אומרים גורמים במערכת הביטחון כי לא מן הנמנע שאם בחודשים הקרובים תהיה ממשלת מעבר עד לבחירות הבאות, סוגיה זו עשויה להישאר פתוחה וההחלטה על הארכת כהונת הרמטכ"ל תתעכב, אלא אם יצליחו נתניהו וגנץ להגיע להסכמות.

יחסי העבודה בין נתניהו לכוכבי נחשבים לתקינים, אבל לא קרובים כמו אלה שבין ראש הממשלה לראש המוסד יוסי כהן. בשנה האחרונה, ובעיקר סביב החתימה על הסכמי השלום עם איחוד האמירויות ואספקת מטוסי ה־35־F למדינת המפרץ, עלו טענות שלפיהן נתניהו ממדר את מערכת הביטחון ואת המערכת הצבאית מקבלת ההחלטות ומעדכונים ביטחוניים־מדיניים חשובים. 

במערכת הביטחון סבורים כי מצב שבו רמטכ"ל אינו יודע מהו אורך הקדנציה שלו הוא בעייתי לתפקוד המערכת, ולפחות כעת זה המצב.