מחאת חברי המועצה להשכלה גבוהה, על רקע החלפת סגנית יו"ר המל"ג בחוקרת המועסקת במכללה, מדגישה את המתחים והפערים ההולכים וגדלים בשנים האחרונות בין האוניברסיטאות והמכללות. "זה לא סוד שמאז שהוקמה המל"ג היא תמיד נשלטה על ידי האוניברסיטאות. בינתיים, מאז שנות התשעים, קמו עשרות מכללות חדשות, שלא באו לידי ביטוי מספק", טוען ד"ר פנחס חליוה, מנכ"ל ועד ראשי המכללות וחוקר בתחום ההשכלה הגבוהה במכללה האקדמית אשקלון. 

לדברי החוקר, פרופסור חגית מסר ירון, סגנית המל"ג שהודחה, הובילה מדיניות בלתי הוגנת וקפדנית כלפי המכללות. כדוגמה, מספר ד"ר חליו, פרסמה פרופ' מסר תקנון שחל רק על מכללות ולא על אוניברסיטאות, ומורה להן חוקים שונים לגבי מינויים, קבלת תקציבים וכדומה. "טענה מרכזית נוספת היא כי 
תואר פרופסורה לחוקר העובד במכללה נקבע רק על ידי המל"ג ולא על ידי המכללות (בניגוד לפרופסורים באוניברסיטאות, הממונים בהחלטת האוניברסיטה עצמה - ג.מ.ס). המל"ג דורש מחקר, פרסומים, אבל המרצה במכללה צריך ללמד יותר שעות ולא מקבל שנת שבתון, קרנות למחקר וכדומה".

תקציב המל"ג הוא כתשעה מיליארד שקלים וכיום גם המכללות דורשות נתח מהתקציב. "היום בוגרי האוניברסיטאות הם פחות מ-40% והאוניברסיטאות מתחילות להרגיש את האיום התקציבי והתחרות על תלמידי התואר הראשון בעיקר", אמר ד"ר חליוה. 
בהתאם לכך, נשמעת במכללות שמחה מההזדמנות לקבל ייצוג במוסד החשוב והמתוקצב, המכתיב את מדיניות ההשכלה הגבוהה בישראל. "פעם ראשונה שהמכללות מקבלות קול. ד"ר ודמני היתה נשיאה של סמינר הקיבוצים, ואנחנו שמחים שיש אפשרות להנגיש את ההשכלה הגבוהה לציבור. די עם ההגמוניה של האוניברסיטאות!", מסר ד"ר חליוה. 

נפתלי בנט. "מאחל להם בהצלחה". צילום: אבשלום ששוני
גם גלעד ארדיטי, יו"ר התאחדות הסטודנטים והסטודנטיות בישראל וחבר המועצה להשכלה גבוהה, שתמך במינויה של ד"ר רבקה ודמני, טוען כי "הבעיה המרכזית במל"ג גם היום וגם בשנים עברו היא שהמועצה מנסה לנהל את המוסדות ברמת המיקרו ולא מבינה שתפקידה לנהל את המערכת ברמת המאקרו. אנחנו כסטודנטים מקווים שהטלטלה הנוכחית תגרום לחידוד משמעותי במקום ותפקיד המל"ג, כך שייתן למוסדות עצמאות בניהול ויאתגר אותם ברמת המדיניות הכללית".
כזכור, להליך הפיטורים של פרופ' מסר ירון, והמינוי של מחליפתה ודמני, התלוותה מחלוקת חריפה. מכתב גינוי חסר תקדים בנושא יצא לפני כחודש וחצי מטעם הרקטורים של כל האוניברסיטאות  בארץ בנושא, ולפני מספר שבועות כ-1,500 אנשי אקדמיה חתמו על עצומה המביאה אי אמון בשר ובמל"ג. במכתב שפרסמו שישה הפרופסורים שהתפטרו מהמל"ג בעקבות האירועים האחרונים נכתב כי פיטוריה של מסר-ירון פוגעים במטרות המועצה להשכלה גבוהה, בעצמאותה וברוח פעולתה. הם קוראים לפזר את המועצה ולמנות חברים חדשים שיעמדו בדרישות סף. 
"התפטרנו בגלל שני מהלכים שקרו: האחד פיטוריה של פרופסור מסר-ירון שלא מצאנו מדוע הדיחו אותה מתפקידה בשנה שמכינים את תוכנית החומש לשנים הבאות. הצעד השני היה מינוי ד"ר רבקה ודמני, מרצה בכירה, אך לא פרופסור מן המניין, אלה שני דברים עיקריים, שלא מאפשרים להתנהלות ראוייה של המל"ג", מסרה ל"מעריב", פרופסור יהודית גל עזר, אחת מהמתפטרים. "סגן יו"ר המועצה צריך להיות בעל מעמד מקצועי בתחום, שיכול להוביל את הגוף החשוב הזה. פרופ' מסר-ירון היא אישיות בעלת מעמד בארץ ובעולם. היא הצליחה להוביל את המל"ג בעבודה מול המוסדות להשכלה גבוהה".
 
שר החינוך ויו"ר המל"ג, נפתלי בנט, מסר בתגובה כי:"אנו מודים לחברי המל"ג הפורשים על תרומתם להשכלה הגבוהה. מל"ג ממשיכה בפעילותה ובמקומם ימונו בימים הקרובים אנשי אקדמיה מהאוניברסיטאות בעלי מעמד בכיר בשדה ההשכלה הגבוהה".
יש לציין, כי ההתפטרות של ששת החברים משתקת למעשה את פעילות המל"ג הזקוקה  למספר מינימלי של 19 חברים.