פינוי עמונה הגיע לסיומו: לפחות עשרה מתבצרים שהגיעו היום (חמישי) מבית הכנסת ביישוב והועלו על ידי כוחות המשטרה לאוטובוס, שברו את החלונות ונמלטו החוצה. גברים, נשים וילדים נשכבו על הכביש במטרה למנוע מהאוטובוס שהיו עליו מספר צעירים מלנסוע, וקראו למשטרה לשחרר את המתבצרים. לאחר זמן קצר, המשטרה פינתה אותם מהמקום.
אישה שישבה על הכביש אמרה בערוץ 10: "הם לא אלה שזרקו את האבנים ושברו את החלונות והדלתות של האוטובוס, תוציאו אותם משם". במהלך האירועים, הם אף ניסו להצית פח אשפה גדול שהיה במקום ושברו את החלון של ניידת המשטרה אשר ישב בה אחד העצורים.
מפקד מחוז ש"י במשטרה, ניצב משה ברקת, שפיקד על הפינוי אמר בתדריך לעיתונאים כי הפינוי הסתיים ובמהלכו פונו 42 משפחות מהיישוב, ולמעלה מאלף איש שהיו במקום ביממה האחרונה. "נאחל החלמה מהירה לפצועים, בהם שוטרים רבים שנפגעו במהלך הפעילות, וחלק מהפצועים עדיין נמצאים בבית החולים", אמר, "ישנם מספר עצורים הנמצאים בהליכי חקירה כשהפעילות עצמה החלה לפני מספר חודשים בצורה מסודרת".
ניצב ברקת הסביר כי "בהתחלה השוטרים נכנסו לבית הכנסת ללא אמצעי מיגון, מתוך כוונה ואמירה ברורה, אך לבסוף דווקא במקום הקדוש כל כך היו ארועי אלימות קשים שגרמו לפגיעה בשוטרים, ולכן נאלצנו להיכנס עם מיגון לשוטרים, וזה מה שעשה את האירוע". הוא הוסיף: "כבר בדקות הראשונות של הכניסה לבית הכנסת נפצעו חמישה שוטרים, כאשר עם כניסתם הופעלו מטפי כיבוי ויידו אותם על הכוחות, ונעשה שימוש במוטות ברזל. מעצר שנעשה שימוש באלימות כל כך קשה בבית כנסת".
מפקד מחוז ש"י ציין כי "ישנם מספר עצורים מהאירוע, יש לנו תיעוד של כל ההתרחשויות ובמידת הצורך נבוא בחשבון בבית המשפט עם עצורים". הוא סיכם: "פעלנו נכון כשנכנסנו לבית הכנסת ללא אמצעים ממוגנים בהתחלה".