כבר בשלב שבו נחתם הסכם עד המדינה בפרשת הצוללות עם מיקי גנור, היה ברור לחוקרים כי מרגע קבלת כל המידע הם יצטרכו לכתת רגליים ולאסוף בעבודה סיזיפית ומודיעינית כל פרט שיש בו כדי לבסס את עדותו. מעבר למסמכים שהעביר המתווך בעסקת כלי השיט ותיעוד שיחות שקיים עם חלק מהמעורבים בפרשה, הגיעו החוקרים למסקנה כי דמות דומיננטית בפרשה הוא עו"ד דוד שמרון, מקורבו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, ופרקליטו של גנור בעסקה.
גנור סיפר לחוקרים כי שמרון, מלבד היותו עורך דינו, הוא גם שותפו בעסקה ומלבד שכר הטרחה היה אמור גם לגזור עמלה אם היא תצא לפועל. כעת מתברר כי הוא סיפר להם כי אחת הפגישות המרכזיות לפני שעמדו לחתום על הסכם השותפות התקיימה במלון וולדורף אסטוריה ירושלים מרשת מלונות הילטון היוקרתיים.
החוקרים שזימנו את עו"ד שמרון לחקירות נוספות והטיחו בו את החשדות שהועלו על ידי עד המדינה. אולם גם אז נותר הפרקליט נחוש בעמדתו, לפיה סיפק שירותים בלבד לגנור תמורת שכר טרחה ובשום אופן לא היה שותפו. החוקרים השתמשו גם בעדות של גנור, לפיה באותה פגישה במלון בירושלים שנחשבה כדיסקרטית ונקבעה לבקשתו של עו"ד שמרון, ביקש הפרקליט מעד המדינה שברגע שתיפתח החקירה יימנע מלהעלות בפני החוקרים את עניין ההסכם שטרם נחתם ביניהם לכאורה על עמלה שסיכמו עליה.
"הפרשה החלה לדלוף בכלי התקשורת לפני שהחלה החקירה ואז עו"ד שמרון ביקש פגישה דחופה. הוא נשמע לחוץ והגיע גם לפגישה לחוץ. הוא ביקש ממני להתעלם מאותו הסכם כביכול", סיפר גנור לחוקרי המשטרה לדברי גורמים שמעורים בפרטים. "לא בטוח שאפשר יהיה להוכיח חשד לעבירה של שיבוש מהלכי חקירה שכן החקירה טרם נפתחה או לפחות איש לא ידע על קיומה ולכן אין מדובר בשיבוש. אבל המטרה להוכיח שהיתה פגישה לבקשתו של שמרון ושהתבססה על תוכן הדברים שאמר גנור בעדותו".
במסגרת הצלבת החומרים במטרה לאשש את עדותו המפורטת של גנור על מנת שלא ייווצרו בה בקיעים, הגיעו החוקרים גם לבית המלון בירושלים ולאחר שגבו עדויות ממספר דמויות מפתח במלון אספו ממצאים נוספים וחזרו אל חדרי החקירות. במלון וולדורף אסטוריה מציינים כי "מרשת הילטון נמסר שמידע הקשור באורחי המלונות נשאר חסוי כדי לשמור על פרטיותם".
כזכור, לפני כשבוע פרסם מעריב כי בטרם חתם על הסכם עד המדינה, הקליט גנור שיחות עם חשודים אחרים בפרשה, שביקשו ממנו את חלקם בעסקה לאחר ששמעו כי קיבל עשרה מיליון יורו מטיסנקרופ. כשגנור הבין שהמעורבים מתחילים להפעיל עליו לחצים וקיים חשש שהפרשה כולה תתפוצץ, הוא החל להקליט את המעורבים ואת תמלילי השיחות העביר לידי החוקרים כדי להוכיח את הטענות שהעלה בעדותו.