בתום חקירה סמויה, עוכבו הבוקר (שני) בשעות הבוקר המוקדמות 18 חשודים, ובהם בעלי משרות בכירות במשרד החינוך, בחשד שקיבלו כספים במרמה, בסכום העולה על 20 מיליון שקלים. בין 18 העובדים שנעצרו ישנם ארבעה מפקחי מקצוע ראשיים במקצועות המשתייכים למסלול הטכנולוגי. ראשיתה של החקירה בחודש ינואר 2018, בעקבות תלונה שהתקבלה ממשרד החינוך בעקבות ביצוע בקרה פנימית, שהעלתה חשדות לאי סדרים חמורים בבדיקת עבודות גמר ע"י החשודים.

גורמים המעורבים בפרטים הסבירו כי כי מדובר בחשד לעבירות חמורות, במהלכן אותן מורים, שהיו מורשים לבדוק מבחנים מטעם משרד החינוך, דיווחו על מספר נבחנים בלתי סביר שבדקו לכאורה, בעיקר בבחינות בעל פה בין השנים 2014-2017. עוד עלה חשד לפיו הבוחנים, מורים מורשים מטעם משרד החינוך, התקשרו בהסכם עם חברה חיצונית המספקת שירותים למשרד החינוך ובמקום לעבוד אצלה בשעות אחר הצהריים, שלא במסגרת שעות העבודה השוטפות, בדקו מבחנים מטעם החברה החיצונית בשעות עבודה הסדירות. מדובר בשעות עליהן הם מקבלים שכר ממשרד החינוך. 

"נוצר מצב שמעבר לשעת העבודה שמשרד החינוך שילם לאותם בוחנים, הוא שילם לאותם מורים בעקיפין, עבור בדיקות מבחנים, כפי שהגישה החברה המועסקת על ידי המשרד", כך הסבירו הגורמים. עוד חשפה החקירה חשדות לפיהם אותם עובדים מורשים, "הפעילו" בני משפחה וקרובים, שאינם מורשים לבדוק מבחנים, ורשמו אותם כבודקים לכל דבר אשר קיבלו שכר באמצעות החברה החיצונית.

במהלך החקירה, החוקרים הצליחו להתחקות אחרי סכומי כסף עצומים שגרף כל אחד מהמורים, בהיקף העולה על מיליון שקלים לכל עובד. חקירת המשטרה החלה בעקבות בדיקה פנימית שערך משרד החינוך ובעתיה עלה חשד לביצוע העבירות החמורות. נדגיש, כי החשודים שילמו מס על כמעט כל העבודות שביצעו. אולם על פי החשד, מקורו של חלק לא מבוטל מהכספים שגרפו לכיסם, הוא בעבירות של מרמה, גניבה ממעביד, רישום כוזב במסמכי תאגיד וניצול לרעה של כוח המשרה. 

במחלק ההונאה של מחוז ירושלים ניהלו, החל מחודש ינואר האחרון, חקירה סמויה, והבוקר עת הבשילה החקירה הגיעו החוקרים לשלב "הפרוץ" והיא הפכה לגלויה, עם מעצרם של החשודים.

בעקבות החשדות שעלו בבקרה הפנימית הוציא משרד החינוך חוזר מנכ"ל אשר מבהיר את הנהלים הקשורים לבחינת עבודות-גמר. מנכ"ל משרד החינוך שמואל אבואב התייחס לפרשה: "אנו נחושים ליישם נורמות של יושר ולא לטייח שום דבר. במקומות בהם המערכת כושלת  אנחנו עושים בדק בית במטרה לתקן את המציאות ולהבהיר מחדש את הנורמות." עוד הוסיף אבואב כי "ייתכן שהמשטרה תגלה היקף גדול יותר של אנשים שמעורבים בדבר הזה."