תחום לימודי הרפואה ספג ביקורת משמעותית במסגרת הדוח, בהתייחס להסדרת ההכשרה הקלינית של רופאים בין מערכת הלימוד באקדמיה לבין ההכשרה במחלקות בתי החולים. הליקויים העיקריים שנמצאו, כוללים העדר הסדרה של הפן ההוראתי במסגרת השהות במחלקות בראייה לאומית מקיפה, ובפרט, נרשמה "גרירת רגליים" מתמשכת בנוגע לגיבוש נוסח הסכם סופי שאמור היה להסדיר כללים להתקשרויות בין האקדמיה למערכת הבריאות בנוגע להוראה במחלקות (על בסיס המלצות דוח גלזר-ישראלי).
 
עוד נמצא שבעוד מספר הסטודנטים לרפואה עלה בעקביות בעשור האחרון, למשרד הבריאות ולמל"ג וות"ת אין תמונת מצב מלאה בנוגע למספר תקני ההכשרה בבתי החולים ואופן פיזור המתמחים – כשברקע אף עומס של המתמחים במחלקות רבות, כאשר למשרד הבריאות ולמל"ג-ות"ת גם אין תכניות עבודה שכוללות היערכות עתידית לגידול במספרם של לומדי רפואה. במקביל, עולה מהדוח העדר הליך של הסדרה שיטתית כלשהי של הכרה במחלקות כבעלות סמכות להכשרה קלינית, מה שבתורו עלול להיות גורם שמונע גידול של מספר המחלקות בהן ניתן לעברו את ההכשרה הקלינית.
 
"סטודנטים זרים עדיין מקבלים מכסות גדולות מדי"
 
כמו כן, למרות העומס של הסטודנטים הישראלים הקיים במחלקות, המל"ג ומשרד הבריאות לא בדקו את השפעת הצורך לספק תקנים גם לסטודנטים זרים, המהווים כיום כ-12% מ-4,376 הסטודנטים בכל הפקולטות לרפואה בארץ. זאת ועוד, למרות ההמלצות שאימצה הות"ת לפני כחמש שנים (של ועדת אנדורן) לצמצם בהדרגה את מספרם ולקבוע מכסה מרבית, בפועל מספרם רק עלה מאז. בפרט, נמצאה מצוקה קשה בהכשרת רופאים בבית הספר לרפואה של האוניברסיטה העברית, בה חל גידול בשנים האחרונות במספר הסטודנטים אך לא ניתן לו מענה בהכשרה הקלינית שהתבטא בעומס סטודנטים במחלקות.
אוזלת יד של משרד הבריאות. צילום: אינגאימג'אוזלת יד של משרד הבריאות. צילום: אינגאימג'

נדבך נוסף אותו מבקר הדו"ח הוא קליטת ישראלים בוגרי פקולטות לרפואה בחו"ל במחלקות בארץ: נמצא העדר הנחיות והוראות לבקרה על אופן הפעלת קורסי ההכנה לבחינות רישוי שהם עוברים, כך שלא ניתן להבטיח את רמתם האקדמית (עצם ביצוע הבחינה מזכה את הסטודנטים מחו"ל בבונוס נדיב, המאפשר לעתים קבלת רישיון לעסוק ברפואה גם כשקיים חשש כבד לכשירות המסיימים). כל זאת, כשמשרד הבריאות אף אינו מבקש אישור לידיעת העברית. בד בבד, קובע הדוח שהשיעור הגבוה של רופאים ישראלים שלמדו בחו"ל וקיבלו רישיון לעסוק ברפואה בישראל (להלן - רישיון לעסוק ברפואה) מצביע על כך שמדינת ישראל נסמכת במידה רבה על בוגרי לימודי רפואה שאין לה השפעה כלשהי על התכניות להכשרתם. 
 
לצד אלה, נמצאו חוסר היערכות לעליה במספר הסטז'רים ואוזלת ידם של משרד הבריאות, המל"ג ופורום הדיקאנים בהסדרת ההפעלה של תקופת הסטאז', כשל בתכנון מקומות להתמחות (כאשר משרד הבריאות, למרות שמודע למצוקה, לא נקט פעולות כלשהן למניעתה או לצמצומם), התמחות לא מספקת במסגרת הקהילה ואילו בנוגע לאיכות לימודי הרפואה, נמצא שהמל"ג התעלמה מההמלצות של ועדה בינלאומית מקצועית שהקימה בשנת 2014 שנועדה לייעל ולשפר את מערך ההכשרה הרפואית.
בריאות הנפש: "חוסר בכח אדם, לא מטפלים בליקויים"

בתחום מערך האשפוז בבתי החולים הממשלתיים לבריאות הנפש: אף על פי שתמהיל המטופלים שנותר באשפוז נעשה מורכב יותר, אלים יותר, מתאפיין בתפקוד נמוך, בתחלואה כפולה וקשה יותר לטיפול ביחד לשנים עברו, נמצא שעדיין חסרים כוח אדם ומיטות ייעודיות, ומשרד הבריאות לא פעל לתִקנוּן המתאים לדרישות של טיפול ראוי ומכבד בנכי הנפש המאושפזים, כאשר עלו ממצאים חמורים בנוגע לטיפול בנכי הנפש, בשיקומם ובשמירה על זכויותיהם. עוד צוין  שמשרד הבריאות לא פעל להסרת רבים מהליקויים שעלו בדוחות קודמים ואשר מסכנים את המאושפזים וצוותי הטיפול במחלקות הפסיכיאטריות (בצד זאת צוינה לחיוב "עבודתם המסורה של הצוותים הרפואיים, הסיעודיים והפרה-רפואיים העוסקים בטיפול בנכי הנפש המאושפזים בבתי החולים הפסיכיאטריים").

8,000 איש נהרגו מעישון, 800 מעיתון פאסיבי: צה"ל מקבל מחמאות, ביקורת על שרי הבריאות והאוצר
 
בתחום העישון והמאבק למיגורו: משרד המבקר התייחס לנושא כשכל העת מונחים לנגד עיניו הגדרת ארגון הבריאות העולמי את העישון כגורם המוות הגדול ביותר הניתן למניעה, והנתון המדאיג לפיו בשנת 2016 נפטרו בישראל כ-8,000 בני אדם מתחלואה שנגרמה מעישון, כ-800 מהם עקב חשיפה לעישון כפוי (פאסיבי).
הליקויים העיקריים שנמצאו כוללים יישום חלקי בלבד של המדיניות הממשלתית בעניין המאבק בעישון; ליקויים בקבלת החלטות מקצועיות במשרד הבריאות, כמו אי החלת חוקי הטבק על סיגריית ה-IQOS וסיווגו כמוצר שהחוק להגבלת הפרסומת והשיווק אינו חל עליו, בקשת אי החלת פטור ממס על מוצרי טבק בטיסות פנים-ארציות; פעילות דלה של קופות החולים למניעת עישון; ליקויים באכיפת החוק למניעת עישון במקומות ציבוריים (ביקורת שמופנית הן לרשויות המקומיות והן לבתי חולים ממשלתיים, שם לא מונו סדרנים לאכוף את העישון).
בתחום העישון בפרט סופג סגן שר הבריאות הרב יעקב ליצמן ביקורת, בין היתר על האישור שנתן על דעת עצמו ב-2013 (עת כיהן כשר) לחברת פיליפ מוריס לשווק בישראל חבילות של סיגריות הארוזות באריזות צלופן שקופות שאינן מכילות את האזהרה "העישון הורג" - בניגוד לנדרש. צוינו לגנאי גם הפגישות שניהל ליצמן יחד עם בכירי משרד הבריאות מול נציגי חברות טבק ללא דיווח לציבור. 
גם שר האוצר משה כחלון ספג ביקורת על העיכוב בהחלטות על מיסוי מוצרי טבק מסוימים, וכך גם משרד החינוך מצוין לגנאי על העדר מספק של פעולות הסברה, מניעה ואכיפה במערכת החינוך. לעומת זאת, משרד מבקר המדינה מציין לחיוב את הרמטכ"ל גדי אייזנקוט על חזון של "צה"ל נקי מעישון", אף שהיישום חל רק בחלק מהבסיסים בשלב זה.
בהיבט של פעילות אגף בריאות דיגיטלית ומחשוב, ממצאי הדוח מצביעים על כך שהליכי הפיתוח המואץ והיקף הפעילות הרחב באגף המחשוב אינם נתמכים בהליכי תכנון ובקרה סדורים בפרויקטים ובתקציביהם.

חבר הכנסת יהודה גליק הגיב לדוח ואמר: "דו"ח מבקר המדינה מוכיח: בתחום המאבק בעישון הממשלה הזו היא אימפוטנטית, עם דם על הידיים, כשהיא מפקירה את חיי אזרחיה, כולל ילדים ובני נוער, לידי חברות הטבק הרצחניות, שמתפרנסות מהפיכת המעשנים לעבדים נרצעים המשלמים מדי חודש מס גולגולת לחברות אלו, מהריגתם ומהוספת אלפי אנשים חדשים מדי שנה למעגל ההתמכרות והמוות".

ממשרד הבריאות נמסר בתגובה לדוח: "משרד הבריאות מכבד את עבודת המבקר ורואה בה דרך חשובה, אפקטיבית ונכונה לתקן את הליקויים שעולים ממנו לטובת שיפור דרכי התנהלות המערכת. דוח מבקר המדינה 2018 דן במספר נושאים הקשורים למשרד הבריאות. משרד הבריאות לומד את עיקרי הדוח ופועל לתקן את הליקויים העולים מן הפרקים השונים".