האם בוצעו מעקבים אחר ראש הממשלה ומשפחתו? יאיר נתניהו הגיש לפני ימים אחדים תלונה במח"ש בפרקליטות נגד ניצב בדימוס מני יצחקי, לשעבר ראש אגף חקירות ומודיעין, בה הוא טוען לפגיעה בפרטיותו. נתניהו מסר בתלונתו כי בתקופה שבה כיהן יצחקי כראש אח"מ, ובעצם ניהל מלמעלה את כל החקירות נגד ראש הממשלה בנימין נתניהו, ניהלו שוטרים מלהב 433 מעקב אחר ראש הממשלה ובני משפחתו, וזאת לטענת נתניהו הבן בניגוד לחוק ותוך פגיעה בפרטיותו, שכן באותה תקופה נתניהו לא היה חשוד במאומה.

נתניהו מסתמך בתלונתו על מידע שעלה בעבר בנושא וכן בדברים שאמר היועמ"ש, אביחי מנדלבליט, בהם רמז על מעקבים שהוצבו נגד ראש הממשלה לכאורה. לטענת נתניהו הבן, במסגרת אותם מעקבים הגיעו החוקרים אל העוזרת האישית של ארנון מילצ'ן וג'יימס פאקר, הדס קליין, ומשם נולדה בעצם חקירת פרשת המתנות - תיק 1000. 
נתניהו הבן מבקש ממח"ש לחקור את הנושא על מנת לחשוף מי נתן את ההנחיה לשוטרים לבצע את אותם מעקבים, מה הייתה המטרה שלהם והאם מדובר, לכאורה, בחיסול ממוקד. 

נדגיש כי ניצב יצחקי פרש מהמשטרה לפני מלמעלה משנה. בשעתו שקל לעמוד בראש הרשות להגנת עדים, אולם הוא נעתר בסופו של דבר לבקשתו של המפכ"ל לשעבר, רוני אלשיך, והמשיך בתפקידו כראש אח"מ על מנת לסיים את החקירות בתיקי 1000 ו-2000, כוונה שהתממשה עם המלצות המשטרה בתיקים אלו.
כיוון שהחקירה התארכה מעבר למשוער, פרש יצחקי מתפקידו, המשיך ללוות את החקירה והן את מחליפו ניצב גדי סיסו, עד הגשת ההמלצות. בתקופת יצחקי נחשף "מסמך יצחקי" שכלל שמות של חברי כנסת ועבירות שביצעו, ולא מן הנמנע שבאותו מסמך הופיע גם שמו של ראש הממשלה נתניהו. במח"ש טרם החליטו אם לפתוח בחקירה