למרות אמירותיו הנחרצות של אלוף במיל' עמירם לוין על כך שלשר הביטחון דאז שמעון פרס לא היה חלק בהכנות למבצע "כדור הרעם" ועל כך שלא הכיר את יוני נתניהו ז"ל, הרי שבמבחן העובדות, העדויות, המסמכים והפרוטוקולים שנחשפו מאותו שבוע החטיפה (27 ביוני עד 4 ביולי 1976) מתבלטת דמותו של פרס כמי שהתנגד מראשית הדיונים לניהול מו"מ עם המחבלים ומנסה בנחישות, החל מאמצע שבוע החטיפה, לדחוף ולהוביל את הממשלה ואת צה"ל למבצע לחילוץ בני הערובה. 
בצמרת המדינית והביטחונית ובצה"ל היו חילוקי דעות משמעותיים לאורך השבוע שלאחר חטיפת מטוס אייר פראנס ב־27 ביוני 1976 בשאלה אם נכון או לא נכון לבחור באפשרות של מבצע לחילוץ בני הערובה.
לפי העדויות השונות, ראש הממשלה יצחק רבין והרמטכ"ל מוטה גור היו המתנגדים הבולטים למבצע לאורך רוב השבוע, והיו להם סיבות הגיוניות: חשש ממחיר כבד של כישלון מבצעי, כשמעל הכל ריחף בין השאר הצל של "אסון מעלות" ב־1974. גור העיד על כך שלנגד עיניו היו שבעה אירועי מיקוח עם נפגעים רבים, שהוא וראש הממשלה התמודדו עמם.

רבין היה לעומתי לנושא המבצעי, גם בגלל היעדר של מודיעין לאורך השבוע. בהמשך פסל את התוכניות והרעיונות הראשוניים שהועלו (ובצדק), ושאל שאלות קשות שהעידו על חשש מהסתבכות ומסיכון חיי אדם. הוא התעמת עם פרס והתלבט עד לרגע האחרון (כולל הנחיה להכנת מכתב התפטרות בבוקר 4 ביולי).
כתנאי לאישור המבצע דרש רבין מהמוסד מידע וצילומים אוויריים עדכניים. המוסד סיפק זאת ברגע האחרון, הודות למבצע נועז של הסוכן המכונה "דייוויד" בקניה. רק לאחר שגם הרמטכ"ל גור הביע תמיכה במבצע לאחר תרגיל המודל ביום שישי 3 ביולי, וצה"ל הציג בפניו תוכנית מפורטת למבצע, שינה רבין עמדתו ואפשר להביא את התוכנית לדיון ולהצבעה בממשלה. 

שמעון פרס במהלך מבצע אנטבה. צילום: דוד אלדן - לע"מ
סגן הרמטכ"ל יקותיאל (קותי) אדם צידד במבצע ולמפקד חיל האוויר בני פלד מיוחסת עמדה נחרצת משלב מוקדם של תמיכה במבצע וחיזוק אמונתם של הרמטכ"ל וראש הממשלה ביכולת הביצוע.
מכלול העדויות והמסמכים שנסרקו שוב לטובת הכנת מאמר זה מוכיח שוב כי לפרס היה משקל חשוב, הן בדחיפה ליציאה למבצע צבאי והן לאישורו, והוא הראשון בדרג המדיני שהעלה את האופציה הצבאית כבר בשלב מוקדם יחסית, באמצע שבוע החטיפה. במקביל הנחה את הרמטכ"ל להציג בפניו תוכניות למבצע צבאי. 
עדות מוחשית לכך אפשר לראות בעותק מפתק שכתב פרס ב־30 ביוני 1976, לקראת סןף ישיבת ממשלה שהתקיימה בירושלים. 
בפתק הזה, בן שני העמודים, מציע פרס לרבין לקיים בתום הישיבה התייעצות מצומצמת ומעדכן כי כבר זימן את מוטה (הרמטכ"ל). הוא ממליץ לבחון "מבצע צבאי" ומציין כי אם רוצים להוציאו לפועל, צריך לשגר "כבר הלילה 12 לוחמי קומנדו לקניה" וכי "המטוס צפוי לצאת בערב".
ככל הנראה, עוד לא הייתה תוכנית מגובשת ובשלב זה שר הביטחון פרס והרמטכ"ל גור טרם הספיקו לדבר ביניהם, לכל הפחות באופן מפורט, על מבצע צבאי, וגם ראש המוסד עוד לא נדרש לנושא המטוס שיביא את הלוחמים לניירובי. אבל כך או כך, כבר ביום רביעי, 30 ביוני, ראה פרס את ההיגיון שביציאה למבצע.
רבין אישר את המבצע טרם התכנסה הממשלה (לאור המידע שקיבל והעמדות שהוצגו בפניו), אך המבצע היה מותנה באישור הממשלה, שניתן רק כשמטוסי ההרקולס היו בדרך, מעל שמי אפריקה.
רס"ן עמירם לוין עצמו לא היה במעגל קבלת ההחלטות בדרג המדיני־ביטחוני של המבצע ובשלושת הימים שלפניו שהה כנציג אמ"ן בפריז. לוין, שהיה בעל ניסיון רב בתכנון מבצעים, נשלח לפריז יומיים לפני המבצע מטעם מחלקת איסוף באמ"ן, לרכז את תחקור בני הערובה שהחלו להגיע לפריז, לאחר "הסלקציה" שעשו המחבלים בטרמינל באנטבה ושחררו אותם.
לוין ניהל קשר טלפוני הדוק עם קמ"ן מקצח"ר (קצין המודיעין של מפקדת קצין צנחנים ראשי), אמנון בירן, ודיווח לו בטלפון המוצפן של המוסד את עיקרי המידע מתוך החקירות של החטופים שהגיעו, בהן היו כמה עדויות חשובות. כל העדויות נשלחו לישראל בטלפרינטרים. דיווחים אלה איפשרו לבנות תמונת מודיעין עדכנית חלקית על המתרחש בטרמינל, שאפשרה להשלים את התוכנית המבצעית. ככל הידוע, לוין רצה מאוד ליטול חלק במבצע, אך לא הצליח להגיע בטרם ההמראה.
לאחר מותו של יוני נתניהו מונה עמירם לוין למפקד סיירת מטכ"ל. הוא שלח את דוח הביצוע של המבצע למטכ"ל. הדוח בן 14 העמודים, נפתח במילים: "כל הכוחות ביצעו את משימתם".

העדויות: פרס פגש את יוני

על פגישת שר הביטחון שמעון פרס עם מפקד סיירת מטכ"ל, יוני נתניהו, יש שתי עדויות שונות של מפקדים בסיירת מטכ"ל, כפי שהופיעו בספר "מבצע יונתן בגוף ראשון", שהוציאו לוחמי היחידה שנטלו חלק במבצע בקיץ האחרון לציון 40 שנה למבצע. 
העדות האחת היא של שאול מופז, אז סגן מפקד היחידה בחופשה, שמעיד על הגעתו של פרס יחד עם הרמטכ"ל למחנה סירקין, לפגוש את המפקדים: "לפני המודל או במהלכו - לא בטוח שאני זוכר את הדברים במדויק - הגיעו ליחידה שר הביטחון עם עוזר ראש אג"מ, יאנוש בן גל. בשיחה עם פרס הבנתי שהדרג המחליט חש צורך לשמוע את הערכת הלוחמים והמפקדים באשר לסיכויי ההצלחה של המבצע. ליוני היה חשוב להעביר לפרס את המסר שהיחידה יודעת בדיוק מה היא צריכה לעשות, שהיא מוכנה למשימה ותדע איך לבצע אותה. יוני הדגיש שאם המטוס הראשון והשני יצליחו לנחות, אין לו ספק שבני הערובה ישוחררו ומטרת המבצע תושג. אני זוכר שגם יאנוש סבר כך ודעתו השפיעה מאוד על פרס, והוא בתורו העביר את המסר, הן לרבין הן לקבינט".
עדות שנייה היא של קמ"ן סיירת מטכ"ל, אבי וייס: יוני הוזעק לקריה לפגישה עם הרמטכ"ל ועם שר הביטחון, שרצו לשמוע ממנו על מוכנות היחידה ועל דעתו על המבצע. יוני הביע את תחושתו כי היחידה מסוגלת לבצעו בהצלחה".