דו"ח מבקר המדינה מותח ביקורת חריפה על המשך קיום מסלולי הנח"ל במתכונת הנוכחית בצה"ל. על פי המבקר, מסלולי השירות בהם פועלים החיילים עכשיו אינם עומדים בהלימה עם החוק. המבקר מציין כי כבר לפני שנים רבות שינה הנח"ל את משימותיו ואינו פעיל עוד בנושאי התיישבות, ובמקום שחברי גרעין הנח"ל יקיימו פעולות התיישבותיות וחקלאיות, הם מבצעים פעילות חינוכית-חברתית ברחבי הארץ.
המבקר אינו קובע דעה כנגד פעולה זו אך אומר במפורש כי היא אינה מתיישבת עם הוראת החוק, וכי משרד הביטחון לא פעל לשנות את התקנות על מנת להתאים אותן לפעילות הנוכחית של גרעיני הנח"ל. המבקר קובע כפי שנכתב בדוחות קודמים, שאין להשלים עם מצב שבו לא קיימת הלימה בין פעילות גרעיני הנח"ל כיום ובין הוראות החוק בעניין זה.
בביקורת עלה כי לא התקיים דיון יסודי ומעמיק בנושא ייעודו ומקומו של מסלול ייחודי זה במסגרת השירות הצבאי, ובעיקר לא התקיים דיון בנושא פרק המשימה שנכלל בו - שאינו בליבת העיסוק של צה"ל - ועל השפעותיו, אף לא לאחר תחילת מימושו של תר"ש "גדעון" ולאור דברים ברורים שאמר הרמטכ"ל רב אלוף גדי איזקוט בנושאים המדוברים.
מבקר המדינה העיר למשרד הביטחון וצה"ל כי השינויים שחלו במסלול הנח"ל הם בבחינת טלאי על טלאי, בלא שנבחנה מידת מהותו והצדקתו של המסלול במעלה השנים, בעיקר בפרק שמכונה- "פרק המשימה" בו יוצאים החיילים לאחר שירות ביחידות צה"ל לשירות במסגרות אזרחיות.
בפגישה שקיימו נציגי משרד מבקר המדינה עם הרמטכ"ל באוגוסט 2017, כדי לשמוע את עמדתו בנושא זה אמר הרמטכ"ל: "מסלול הנח"ל סיים את תפקידו ההיסטורי במתכונתו הנוכחית ואינו רלוונטי עוד. הרעיון שעמד ביסוד המסלול ופרק המשימה הלאומית היה טוב בעבר... החברה הישראלית השתנתה, האילוצים וצרכי הצבא השתנו, ולכן למסלול הנח"ל אין מקום. יש להפסיק את פרק המשימה שבמסלול הנח"ל, ולעבור לשירות צבאי מלא של שלוש שנים".
מבקר המדינה מסכם נקודה זו כי באחריותו של שר הביטחון, במיוחד נוכח עמדתו הנחרצת של הרמטכ"ל בנושא זה לוודא כי ייבחן המבנה של מסלול הנח"ל ולהכריע בסוגיה זאת תחת השאלה המרכזית האם יש מקום שחיילים יבצעו פעילות אזרחית שאינה בליבת העיסוק של צה"ל.