מבקר המדינה השופט בדימוס, יוסף שפירא, שבחן את מאז דצמבר 2016 ועד לינואר 2018 את הפעילות וההתנהלות ביחידה 9900 המבצעת פעילות חשובה וייחודית בתחום המודיעין החזותי ובתחום המיפוי, מצאה ליקויים רבים בכתיבת תפיסות, תורות ופקודות ביחידה עצמה וביחידות המשנה שלה , שעליהן בעצם אמורות להיסמך פעילותן של אותן היחידות.
עוד מצא המבקר כי היוזמה שגילתה היחידה להרחבת ייעודה ושימש הדגש על היותה "מערך שטח" טרם הוסדרו באופן רשמי למרות שהיחידה כבר החלה במימוש אותה יוזמה כאמור. בדוח המבקר הוא מציין כי נמצאו במהלך הבדיקה פערים באיוש ובכשירות החבירים, יחד עם זאת הוא מציין כי ביחידת 9900 פועלים לצמצום פערים אלה והוא מברך על כך. נבהיר , כי גם לשיטת המבקר הפעילות של יחידת 9900 של חיל המודיעין הולכת ומתרחבת ולכן עומדים לרשותה אמצעים מתקדמים שחלקם לדבריו "מהווים יכולת ליבה של מדינת ישראל".
מבקר המדינה מדגיש את איכותו של כוח האדם המצוי באותה יחידה וזאת כדי שתוכל לממש את האתגרים הניצבים בפניה
עוד הוא מציין כי הוא רואה בחיוב מהלכים שביצעה היחידה לקבלת אחריות כלל צה"לית על התחומים המתפתחים לרבות הגיאולוגיה הצבאית והעבירות, בסנ"תים גיאוגרפיים למאמנים ומפות משולבות מורכבות.
הוא מסכם ומוסיף כי "יחידה 9900 ויחידות המשנה שלה מהוות נדבך חשוב וייחודי בתחום איסוף המודיעין בשגרה, בחירום ובמלחמה. על ראש אמ"ן וקמנ"ר לוודא את תיקון הליקויים שעלו בדוח זה, ובמידת הצורך לתמוך ביחידה בהתמודדותה עם האתגרים העומדים לפתחה. זאת כדי לחזק את יכולתה של 9900 לעמוד במשימותיה וכדי להפיק את המרב מכך לכלל צה"ל".
בראשית הדוח מציין המבקר כי לצורך ביצוע משימותיה משתמשת יחידת 9900 באמצעים שונים לאיסוף מידע ובהם לווינים ומטוסים תוך שהיא מעבירה הכשרות במקצועות האיסוף החזותי באמ"ן ובאמצעות ענף מודיעין השטח (עמ"ש) כשליחידה כפופות שלוש יחידות רישום : יחידת פיענוח מרכזית, מרכז הפקות מלוויינים, ויחידת המיפוי. המבקר מציין כי ביחידה הרישומית של 9900 יש גוף נוסף - שלף - העוסק בתצפיות מוטסות.
המפקדה עצמה כפופה לראש אמ"ן ויחידת 9900 בשנים האחרונות חצתה את תחום פעילותה והתמקצתה גם בהרחבת ייעודה מאיסוף חזותי ברמה המטכ"לית להדגשת היותה מערך שטח.
המבקר מציין כי במהלך הביקורת שערכה למעלה משנה נמצא כי פקודות הארגון (פק"אות) של היחידה ויחידות המשנה שלה אינן מעודכנות כנדרש. "היעדרן של פק"אות מעודכנות עלול לפגוע בפיקוח ובבקרה על פעילותן של היחידות הנדרשים כדי לוודא שהן ממלאות את ייעודן ומבצעות את התפקידים שנקבעו להן. עדכניות תפיסות ותורות יחידה 9900 לא השלימה את גיבושה וכתיבתה של תפיסת הפעלה כדי שתהפוך לתפיסה שלמה הכוללת את כלל יכולותיה והעוסקת גם בשגרה.
תורת מודיעין השטח משנת 1999 אינה מעודכנת. בהיעדר מענה תורתי למודיעין השטח, גופי הדרכה וגופים מבצעיים נאלצים להשתמש בתורת מודיעין השדה של מוד"ש, שאינה התורה הייעודית להם. במצב זה מקצועיותם של גופים אלה עלולה להיפגע." כותב המבקר ומוסיף: " ליקויים בפיקוח ובבקרה על תהליכי הכשרת היסוד ועל תהליכי הסמכה לתפקידי פיענוח עמ"ש אינו עורך משובי שטח לבוגרי קורס הכשרת היסוד בפענוח כנדרש.
הוא גם אינו מקיים בקרה סדורה על תהליכי הסמכה לתפקיד המתבצעים ביחידות השונות לבוגרי קורס מופת. אי-קיום משובי שטח על קורס מופת והיעדר פיקוח ובקרה על תהליכי ההסמכה ביחידות עלולים לפגוע באיכות וביעילות של ההכשרות וההסמכות. מוכנות לחירום של יחידה 9900 ושל יחידות המשנה שלה בפקודת קבע לקרב (להלן - פק"ל) שעניינה מעבר משגרה לחירום.
השופט בדימוס שפירא הוסיף וציין כי מערך שלף הוא גוף מבצעי של סיירי האוויר של יחידה 9900 ,הנמצא באחת הטייסות של חה"א, ומשולב בה כאחד הגּפים ". שלף אוסף מודיעין חזותי באמצעים טכנולוגיים שונים. בשנת 2007 הוכפף שלף זמנית לראש מטה (להלן - רמ"ט) 9900 .מאז, במשך למעלה מעשר שנים, לא הוסדר מעמדו הקבוע של שלף, וייעודו ומשימותיו לא נקבעו בפק"א של 9900 או במסמך ארגוני אחר" מציין המבקר.
בתפקיד מפקד שלף, שהינו גוף מבצעי, משמש זה 16 שנים אזרח עובד צה"ל. הצבת אזרח עובד צה"ל כמפקד על גוף מבצעי נוגדת את הכתוב בתורת אמ"ץ. ההמלצות העיקריות במסגרת עדכון הפק"אות, על יחידה 9900 ,ובכללה יחידות משנה שלה, ועל יחידות המודיעין בפיקוד הצפון ובפיקוד הדרום להתחשב בממצאים שעלו הגף הוא מסגרת ארגונית, בדרך כלל בטייסת, שבראשה קצין בדרגת רב-סרן".