שר האוצר יאיר לפיד התייחס לפיגוע שהתחרחש היום (ג') ותקף את יו"ר הרשות הפלסטינית: "אני חושב שאי אפשר להסית בערב ולגנות בבוקר, ואז עוד פעם להסית בערב ולגנות בבוקר.
"תעקבו אחרי התקשורת הפלסטינית ותראו מה אומרים שם על הישראלים ועל ישראל, אז יש לזה תוצאות. הדברים שאמר אבו מאזן בימים האחרונים פעם אחר פעם, ראש הממשלה וגם אני וגם אחרים, הסברנו שלא השתנה הסטטוס קוו בהר הבית ובכל זאת מדברים על שאהידים בהר הבית. זה יוצר אלימות. זה מעשה לא אחראי ואנחנו צריכים להתנהג באופן אחראי כולנו. לפיכך אבו מאזן לא יכול להסית כל התקופה הזאת ואז לקום ולהגיד אני מגנה ולצאת מזה בשלום ככה"
"כמו כן אמר שר האוצר כי יש לנקוט בצעדים של הריסת בתי המחבלים: "מה שאנחנו צריכים לעשות זה לחזק את הביטחון בירושלים. אנחנו נזרים עוד כוחות לירושלים. אנחנו ננקוט בצעדים קשים מאוד כלפי המחבלים. אנחנו נחזור להריסת בתים.
"אני חושב שצריך להרוס כבר היום את בתי המחבלים האלה מפני שאנחנו יודעים שזה צעד אפקטיבי... אני אומר לך שאין היום בישראל אף אדם שהוא מתון או קיצוני או מרכזי, או שמאלני או ימני. כולנו מזועזעים באותה צורה. כולנו חושבים שאלה חיות אדם. כולנו צריכים להעביר להם את המסר שאומר שמחבל שייצא לפיגועים כאלה לא יצא מזה בחיים".
ראש הממשלה בנימין נתניהו יכנס בצהריים התייעצות ביטחונית בלשכתו בעקבות הפיגוע הבוקר בבית הכנסת קהילת יעקב בשכונת הר נוף בירושלים. נתניהו אמר כי הפיגוע הוא "תוצאה ישירה של ההסתה שמובלת על ידי החמאס ואבו מאזן, הסתה שהקהילה הבינלאומית מתעלמת ממנה בחוסר אחריות. נגיב ביד קשה לרצח האכזרי של יהודים שבאו להתפלל ונקטלו בידי מרצחים שפלים".
גם שר הביטחון משה (בוגי) יעלון יכנס הערכת מצב מיוחדת בלשכתו בקריה בתל אביב. בהערכת המצב ישתתפו גורמי צבא, נציגי שירות הביטחון הכללי, משטרת ישראל וגורמי ביטחון נוספים.
יעלון אמר בעקבות הפיגוע הבוקר בירושלים כי "מדינת ישראל תכה את הטרור. נילחם בו בנחישות, ולא נאפשר לאיש לשבש את חיינו ולפגוע בנו. נרדוף אחר מבצעי הפיגועים ושולחיהם בכל מקום ובכל דרך, בגבולות ישראל ומחוץ להם".
"מסע הרצח של יהודים המתפללים בבית כנסת הבוקר בירושלים, הוא תוצאה ישירה של ההסתה, השקרים והשנאה שמופצים מדי יום ברשות הפלסטינית, בהנהגת יושב הראש אבו מאזן, נגד מדינת ישראל. בין אם מדובר בהתארגנויות מקומיות ובין אם מדובר בתשתיות טרור מאורגנות, אנו עדים פעם אחר פעם לניסיונות של גורמי טרור פלסטיניים לפגוע בריבונותה של מדינת ישראל בירושלים ולהרוג כמה שיותר יהודים רק משום שהם יהודים".
"הם מוזנים בדברי הבלע הממוסדים נגד ישראל, שהרשות הפלסטינית בראשות אבו מאזן מפיצה ומעודדת בספרי הלימוד, באמצעי התקשורת ובנאומים שקריים וחסרי תקדים בתיעוב שהם מפיצים; הם זוכים לתמיכה, מימון וסיוע מצד תנועות אסלאמיות קיצוניות, ובראשן חמאס".
שר החוץ, אביגדור ליברמן, אמר כי פיגוע שמתבצע בבית כנסת בזמן תפילה הוא מעשה המעיד יותר מכל על שפלותם של הרוצחים וכי האחריות מוטלת במלואה על יו״ר הרשות הפלסטינית, אבו-מאזן. "אבו-מאזן הופך במכוון את הסכסוך לסכסוך דתי בין יהודים למוסלמים וההסתה השיטתית שהוא מוביל נגד יהודים - שבין היתר הוא מגדיר כטמאים שאינם יכולים לעלות להר הבית, היא ההנחייה לביצוע לפיגועים נבזיים כאלה".
שר החוץ קרא לקהילה הבינלאומית להוקיע את דבריו האנטישמיים של אבו-מאזן שמובילים למעשי טבח נוראיים כמו זה שהתבצע הבוקר בבית הכנסת ולהבהיר לו כי מי שמתנהל בצורה הזו אינו יכול להיות אישיות מדינית לגיטימית".
שר המודיעין, ד״ר יובל שטייניץ, האשים גם הוא את יו"ר הרשות הפלסטינית: ״הידיים שאחזו בגרזנים הם ידי המחבלים, אבל הקול הוא קולו של אבו מאזן. מי שקורא למוסלמים להגן על מסגד אל אקצה בכל האמצעים בפני היהודים - נושא באחריות ישירה לפוגרום המחריד בבית הכנסת בהר נוף, ולגל הפיגועים ומהומות הדמים בירושלים".
שר המדע יעקב פרי אמר כי מדובר בפיגוע ברברי ברוטאלי ורצחני. "מדינת ישראל תמשיך להילחם בטרור בנחישות וללא פשרות בכל הכלים העומדים לרשותה. מבקש לשלוח תנחומים למשפחות ואיחולי החלמה לפצועים".
השר אורי אריאל אמר כי ״כאשר שרי החוץ באירופה ובארה״ב מגנים בשפה רפה רצח יהודים ומצד שני נותנים גיבוי להסתה הבלתי פוסקת של אבו מאזן, המחבלים מבינים ששחזור אירועי טבח תרפ״ט הוא לגיטימים. אני דורש מראש הממשלה לכנס את הקבינט מיידית ולפעול מיידית להחזרת הביטחון לתושבי ישראל. דיבורים לא מחזירים ביטחון״.
ח"כ מירי רגב (הליכוד) אמרה: "מחבלים שתוקפים יהודים עטופים בטלית מזכירים מראות שביקשנו לשכוח מאירופה, כשהקמנו בית יהודי בישראל ובירתה ירושלים. באויבים האלה צריך להיאבק בכל האמצעים בכל העוצמה וללא רחמים. מחה תמחה את זכר עמלק".
יו"ר מפלגת העבודה וראש האופוזיציה, ח"כ יצחק הרצוג אמר כי "הטבח המזעזע הבוקר בזמן תפילת יהודים חפים מפשע, עטופים בטליתותיהם, בבית הכנסת בהר נוף בירושלים הוא מעשה נפשע מסוג החמור ביותר. לבנו עם משפחות ההרוגים והפצועים. אנחנו מתפללים כולנו להחלמתם ומחבקים אותם בכאבם".
הרצוג הוסיף: "מדינת ישראל צריכה לבוא חשבון נוקב עם כל מי שמעורב במסע ההרג הזוועתי, ללכוד אותו ולהעניש אותו במלוא החומרה. בצד מלחמה נחושה ובלתי מתפשרת בטרור המאורגן הזה, חובה לקיים דיאלוג ושיתוף פעולה בטחוני עם כל גורם מתון בסביבה, וזאת כדי לבלום את הטרור, למנוע פיגועים נוספים ולהשיב את השקט לרחובות. אני קורא לציבור הישראלי לנהוג בקור רוח ובאחריות ומחזק את כוחות הביטחון, הפועלים למציאת משלחי המחבלים וכל מי ששיתף איתם פעולה".