פרופ' יוסי קלפטר, יו"ר ועד ראשי האוניברסיטאות, הגיב היום (ראשון) בחריפות להצהרת שר החינוך נפתלי בנט, בפתח שנת הלימודים החדשה, לפיה "שברנו את קרטל האוניברסיטאות". בהודעה מטעמו, טען קלפטר כי  "מעולם, בהיסטוריה של מדינת ישראל, לא נפתחה שנת לימודים אקדמית בהודעה הכוללת דברים כה בוטים ומתלהמים של שר חינוך כלפי אוניברסיטאות המחקר של ישראל שתרמו ותורמות כה רבות לחוסנה ועתידה של המדינה. השר בנט בוחר לייצר סכסוך פנימי מול המוסדות ומול העם למטרות פוליטיות".

"אנו מברכים את הסטודנטים והסטודנטיות המתחילים היום את שנת לימודיהם באוניברסיטאות, ומאחלים להם שנת לימודים מוצלחת ופורייה", אמר קלפטר בפתח דבריו, והוסיף: "קהילת הסטודנטים והסטודנטיות מהווה משאב חשוב ביותר של מדינת ישראל ותבטיח את חוסנה המדעי, חברתי וטכנולוגי. אין ספק שאלה נמצאים בידיה של מערכת ההשכלה הגבוהה המשמשת כאבן הראשה וכצורך אסטרטגי קיומי למדינה".
לדבריו, "בתקופה האחרונה האקדמיה הישראלית נאבקת על עצמאותה ועתידה. אנו נתקלים בימים אלו בתופעה גוברת ומדאיגה אשר מרחפת מעל ראשינו ומפרה עיקרון בסיסי ביותר בעולם האקדמי – החופש לחקור ולהביע עמדות וטענות ללא חשש. נבחרי ציבור, חברי כנסת ושרים, אשר פועלים חדשות לבקרים מטעמים פוליטיים, מנסים להתערב בנעשה באקדמיה, ולהכניס את הפוליטיקה לאקדמיה, תוך ניסיון לחוקק חוקים פוגעניים כדוגמת הקוד האתי, הפרדה מגדרית בלימודים הפחתת תקצוב למוסד אקדמאי עקב התבטאויות שנויות במחלוקת של עובד ועוד איסורים והגבלות". 

"גם המקרה האחרון", המשיך, "בו דחה שר המדע את מינוייה של חוקרת בכירה בתחומה רק בשל דעותיה הפוליטיות אשר אינן עולות בקנה אחד עם השקפותיו שלו ושל בוחריו, מהווה דוגמה לדריסת הרגל של הפוליטיקה בתוך האקדמיה. החוקים והמעשים הללו פוגעים בעצמאותה של האקדמיה ומסכנים את המשך התנהלותה התקינה". 
הוא הסביר כי "המועצה להשכלה גבוהה נוסדה על מנת לשמש חוצץ בין הפוליטיקה לאקדמיה ולפיכך משמשת כרגולטור האחראי על הנושאים האקדמיים והמנהלתיים. חוק המל"ג, המבטיח את עצמאותה של אקדמיה במערכת ההשכלה הגבוהה, מהווה עוגן עיקרי השומר על החופש ועל עצמאותה של האקדמיה  - וכך צריך להישאר. אך לצערנו אנו עדים לסדקים הולכים וגדלים בחומה זו שעד כה הפרידה בין הפוליטיקה למוסדות המחקר בישראל".
את דבריו חתם באומרו כי "יש לנו אקדמיה חדשנית ופורצת דרך, סטודנטים יצירתיים ומדענים מעוררי השראה, ועל כל זה צריך לשמור. אין לנו אקדמיה אחרת. עם תחילת השנה האקדמית עלינו לדאוג לחופש המחשבה, המחקר והביטוי בה, למען כולנו".