משבר בני הערובה במלטה שהחל בשעות הבוקר (שישי) הסתיים ללא נפגעים לאחר ששני החוטפים, אשר היו חמושים ברימוני יד, הסגירו את עצמם לידי הרשויות באי. הרשויות המטוס החטוף, של חברת אפריקיה, היה בטיסת פנים בלוב מהעיר סבחה לבירת המדינה טריפולי כשעליו 118 נוסעים ואנשי צוות, כאשר במהלך הטיסה השתלטו עליו שני אזרחי לוב, תומכי הנשיא המודח מועמר קדאפי, כשהם חמושים ברימוני יד, איימו לפוצץ את המטוס ודרשו להנחיתו במלטה. הרשויות באי הקיפו את המטוס וניהלו משא ומתן לשחרור החטופים וכניעת החוטפים, שנמצאים כעת בידי השלטונות במלטה. החוטפים דרשו מממשלת לוב לאפשר להם להקים מפלגה ברוחו של קדאפי, שנהרג במהלך מלחמת האזרחים במדינה שאירעה במהלך "האביב הערבי", ואחד החוטפים אף הזדהה בתור מנהיג המפלגה.
גורם בכיר במערך האבטחה בשדה התעופה בטריפולי, אמר לסוכנות הידיעות רויטרס בעת המצור על המטוס כי הטייס אמר ברשת הקשר למגדל הפיקוח כי המטוס נחטף, ולאחר מכן אבד עמם הקשר. הגורם הוסיף: "הטייס ניסה לנחות בטריפולי אך לא הצליח לעשות זאת בגלל החוטפים". על פי דיווחים אחרים, בתחילה המטוס הוסת למלטה, לאחר מכן בחזרה לטריפולי ושוב למלטה.
ראש ממשלת מלטה, ג'וזף מוסקט צייץ בחשבון הטוויטר שלו כי הטיסה נחתה וכוחות הביטחון וההצלה מקיפים את המטוס.
The #Afriqiyah flight from #Sabha to #Tripoli has been diverted and has landed in #Malta. Security services coordinating operations.
— Joseph Muscat (@JosephMuscat_JM) December 23, 2016
האירוע היום מתרחש לאחר שבחודש מרץ מטוס נוסעים מצרי שעל סיפונו היו 81 נוסעים נחטף בדרכו מאלכסנדריה לקהיר ונחת בנחיתת חירום בשדה התעופה לרנקה בקפריסין. האירוע הסתיים ללא נפגעים והחוטף נעצר ונלקח לחקירה על ידי כוחות הביטחון בקפריסין.
בקפריסין אמרו תחילה כי האירוע הוא על רקע רומנטי ואינו אירוע טרור. זאת לאחר ששוחררו רוב נוסעי המטוס ונותרו שבעה נוסעים יחד עם החוטף. לאחר מכן, דווח כי החוטף דורש את שחרורם של אסירים מהכלא המצרי. ברשת "אל-ערבייה" פורשם שקרובי משפחתו של סיף א-דין מוסטפא, חוטף המטוס, אמרו שהוא סובל מבעיות נפשיות וכי בן משפחתו הוזמן לחקירה על ידי כוחות הביטחון.