החששות מפני שטפון בערבה הדרומית שהיה עלול להחריף מאד את האסון הסביבתי של זיהום הנפט באזור התבדו בשעות הבוקר, למרות תחזית מזג האוויר המדאיגה שדיברה על גשמים כבר מהשעות המוקדמות. אנשי מבצע השיקום התבוננו לשמים בחשש וסירבו לנשום לרווחה משום שהתחזית דיברה על גשם מקומי אפשרי לאורך שעות הערב. 

ואכן, הגשם הגיע גם לאזור האסון בשעות הצהרים כשכל ההכנות של הימים האחרונים לקראתו עמדו למבחן. ושוב, למרבה המזל, גם פרק הגשם שירד בשעות הצהרים, היה קצר מאד ולא גרם לבסוף לשיטפון מאסיבי ממנו חששו כשרוב הגשמים המשיכו לרדת בצד הירדני. עם זאת הכוננות והערכות המצב השוטפות נמשכות כל העת משום שאנשי המשרד להגנת הסביבה העריכו בצהרים כי גל גשם נוסף עלול לגרום לתחזיות השיטפון להתממש. סכרי העפר שהוקמו לאורך מסלול השיטפון הצפוי נועדו לעצור זרימה חלשה של מי גשמים מזוהמים בנפט ואילו אמצעי הספיגה שהוצבו לאורך המסלול ובמפרץ אילת נועדו למקרה של שיטפון גדול יותר.
רוב הקרקע המזוהמת כבר הוצאה מהשמורה בטרם החלו הגשמים באזור ועם זאת, במשרד להגנת הסביבה וברשות שמורות הטבע והגנים הלאומיים נמשכה ההיערכות לכל אורך שעות היום, היערכות שכללה בין היתר אמצעים לחסימת הנפט במפרץ אילת עצמו שהציבו אנשי אגף ים וחופים במשרד אל מול פתח הניקוז של השיטפון שהיה חזוי להגיע אל החלק הצפוני של המשרד במקרה של גשם ממושך. במשך שלוש יממות נשאבו כשני מיליון ליטרים של שאריות נפט גולמי מתוך כחמישה מיליון ליטרים שדלפו. חלק מהכמות חלחל לקרקע לעומק של עד 10-20 ס"מ בשל רמת החלחול הנמוכה של הקרקע באזור. 

ברשויות מעריכים את החלק מעשה ידי אדם במלאכת השיקום הארוכה בשטח המזוהם שאורכו כששה ק"מ בחודשים ארוכים עד שנה. עלות מבצע השיקום עד כה כבר נאמדת בעשרות מיליוני שקלים.  
מנהל מחוז הדרום במשרד להגנת הסביבה, גיא סמט, דיווח בישיבת הערכת מצב כי כל תוצאות מדידת זיהום האוויר באזור יצאו תקינות וכי בבאר אורה, היישוב הסמוך ביותר למוקד הזיהום מצינור הנפט של חברת קצא"א שהחל בליל רביעי בשבוע שעבר, הוצבה ניידת איכות אוויר שתעריך את מידת הזיהום בזמן אמת. 
בתוך כך, כמעט שבוע אחרי אסון זיהום הנפט בערבה ולאחר שלא התייחס בפומבי לנושא, מינה ראש הממשלה והשר בפועל להגנת הסביבה את סגן השר במשרד ראש הממשלה והמקשר לכנסת, ח"כ אופיר אקוניס (הליכוד) לממלא מקום השר להגנת הסביבה. החוק מתיר לראש ממשלת מעבר למנות ללא אישור הכנסת ממלאי מקום לתפקידי שר למשך שלושה חודשים. 
ברשויות מציינים את שיתוף הפעולה של אנשי קצא"א במאמצי השיקום אבל עמותת אדם, טבע ודין החלה בינתיים במסע גיוס כספים בקרב תומכיה למימון קמפיין ציבורי חדש שנועד להפעיל לחץ על הממשלה לקחת אחריות על פעולותיה החסויות של קצא"א ולתת עליהן דין וחשבון מלא לציבור.

"צינור הנפט של קצא"א, ממנו דלף נהר של נפט לערבה בשבוע שעבר, ממשיך לאשקלון ומשם לבתי הזיקוק בחיפה. בשמונה השנים האחרונות היו לפחות שש דליפות נפט מצינורותיה, מנחל צין ועד נחל פולג, ושום דבר לא השתנה. איש לא הועמד לדין, הוטלו קנסות מגוחכים, והחברה ממשיכה להתנהל תחת חיסיון גורף. האסון הבא הוא רק שאלה של זמן, וכמות הנפגעים בנפש היא רק שאלה של מזל. אנחנו לא מחכים, ויוצאים למאבק" כתבו אנשי העמותה לחבריה. 
ח"כ דב חנין (חד"ש), יו"ר השדולה הסביבתית-חברתית בכנסת, אמר בעת דיון ועדת פנים והגנת הסביבה בנושא: "הזהרנו כאן בוועדה הזאת מפני אסון נפט וכל הדברים שמהם הזהרנו אכן קרו. דבר כזה אסור היה שיקרה. נדרוש הסברים ותשובות ונבקש לזמן את כל הגורמים כדי להבין מה קרה ואיך קרה". חנין קרא לראש הממשלה נתניהו להפוך את פעילות קצא"א לשקופה והדגיש: "כל סוגיית קצא"א מחייבת פיקוח ובקרה הרבה יותר רציניים. מונחת בפני הממשלה הצעת חוק לתקן את חוק הנפט ולהפוך אותו לחוק מודרני עם כלי אכיפה ובקרה סביבתיים עדכניים. חבל שהממשלה דחתה אותו פעם אחר פעם ומסרבת ללמוד לקח מאסונות קודמים שהיו. אנחנו מתכוונים לדרוש מראש הממשלה תשובות". 
פעולות קצא"א נהנות מחיסיון בשל הליך בוררות מתמשך בין ישראל לאיראן על מיליארדי דולרים חוב שהאיראנים תבעו מישראל על חלקם בפרוייקט שהחל כמיזם משותף לשתי הממשלות בשנות השבעים, טרם המהפכה האיסלאמית באירן. זאת אף ש-35 שנים לא זורם נפט איראני בצינורות של קצא"א. הנפט שמיובא לישראל מגיע ממדינות כמו אזרבייג'ן והחברה מעבירה לבתי הזיקוק בחיפה ובאשדוד נפט גולמי באמצעות צינורות ההולכה שלה מאשקלון. עד כמה שידוע, השימוש בתוואי ההיסטורי של הצינור, בין אילת לאשקלון וצפונה, זה שגרם להרס בערבה, הוא דווקא מינורי יחסית ונחשב לתוואי הפחות פעיל של תשתיות קצא"א בעשורים האחרונים.