הרמטכ"ל, רב אלוף בני גנץ, שלח איגרת למפקדים מדרגת אלוף משנה ומעלה, והעביר מסר ברור בהקשר לפרשת גבעתי: "חשוב לחשוף אירועים אלו לאור השמש. עם ישראל מפקיד בידינו את היקר לו מכל".



עוד נכתב באיגרת של גנץ: "ניתנת לנו הסמכות להגביל את חירותם של המפקדים לצורכי משימות, עד כדי לפקוד עליהם להשליך את נפשם בהגנת המדינה, ובצידה אחריות שאין למעלה מימנה לדאוג לכבודם, לשלומם ולרווחתם של החיילים. חשוב לחשוף אירועים אלו ולא להותיר אותם בחצר הפיקודית, לשתף ולא להתבייש לעמוד ולהודות בטעות ובכשלים שקרו אצלכם. רק אם נשכיל לתחקר, ללמוד, לטפל בנחרצות ולחשוף אירועים אלה, נבטיח את המשך אמונם של הפקודים".



כזכור, הפרשה עצמה מגוללת שורה של חשדות חמורים, הכוללים הטרדות מיניות של לוחמים ע"י מפקד המחלקה, חשד לקיום יחסי מין תחת מרות של מפקדים, היעלמות של אמצעי לחימה, חקירה של נסיבות מוות של שני חיילים ביחידה, שאחד מהם היה אחראי על הנשקים ושתה רעל למוות לאחר שנקרא לחקירה. 



במקרה אחר, התאבד חייל לאחר שהושפל עם סרטון אינטימי. כמו כן בפרשה נחקרות עוד חשדות לזיוף מסמך של דיווח תאונת דרכים, שבו היה מעורב המג"ד ורכישת ציוד אישי ומתנות בכספי תרומות.