ועדת הכספים אישרה הבוקר את תקציב משרד מבקר המדינה לשנת הכספים 2016. התקציב יעמוד על 349.7 מיליון שקלים והוא נמוך מתקציב המבקר ב- 2015, שעמד על 372 מיליון שקלים, עקב הוצאות רבות על מעבר המשרד לבניין חדש בקריית הממשלה בירושלים.
מניתוח התקציב עולה, כי כשני שלישים ממנו משמשים לתשלומי שכר. עפ"י חוק יסוד מבקר המדינה, תקציב משרד המבקר נקבע לפי הצעת המבקר בידי ועדת הכספים ומפורסם יחד עם תקציב המדינה. המטרה בכך, לשמור על עצמאות המבקר ועל אי תלותו ברשות המבצעת.