אוניברסיטת בר-אילן מוחה בחריפות על החלטת אונסק"ו המתכחשת לזיקתו של העם היהודי להר הבית והיא תשקול המשך קשריה עם הארגון. בבר-אילן פועלת קתדרה משותפת עם אונסק"ו, העוסקת בחינוך לערכים לסובלנות ולשלום, והיא עוסקת בעריכת מחקרים, סדנאות וכינוסים בנושאים אלה.
מהמוסד האקדמי נמסר כי "החלטת אונסק"ו, הכופרת בקשר של היהודים למקומות המקודשים בירושלים, סותרת את מטרתה של הקתדרה לעסוק בחינוך לסובלנות ולשלום והיא חורגת אף מן העמדות העוינות לישראל שאימץ הארגון בעבר".