ביקורת רבה בדו"ח מבקר המדינה נמתחת על ההתנהלות במשרד הכלכלה, בעיקר על "מנהל ההסדרה של חוקי העבודה". להערכתו של יוסף שפירא, יש ליקויים רבים בהפעלתו.
המבקר מציין ש"עובדים רבים בישראל משתכרים שכר נמוך שלא מספיק אף לצורכיהם הבסיסיים, ופעמים רבות הם נזקקים לתמיכת המדינה. תופעה זו מכונה 'עובדים עניים', אחת הסיבות העיקריות שמעסיקים רבים מפרים את זכויות המגן של עובדים, ושל עובדים בשכר נמוך".
שאלת חיזוק האכיפה של חוקי העבודה נדונה על ידי מבקר המדינה בדוחות ב-2004 וב-2008 אך הליקויים שנמצאו ודווחו אז טרם סודרו. הם לא תוקנו, למרות שבעקבות המסקנות של מספר ועדות שהוקמו בנושא, הממשלה תגברה את מנהל ההסדרה בתקציבים וגם הגדילה פי חמישה את כוח האדם.
"תכנית העבודה אינה מבוססת על נתונים ומחקר לגבי הענפים, משלחי היד ותתי-המגזרים שבהם קיימים השיעורים הגבוהים ביותר של עובדים בשכר נמוך ושל הפרות זכויות עובדים. יחידת המודיעין אינה מאוישת כנדרש ותפוקות המודיעין במנהל מועטות. מערכת המחשוב עודנה מיושנת ואינה מאפשרת למטה המינהל להפיק דוחות מנהלים עם נתונים עדכניים ושוטפים, הדרושים לבקרה על פעולות המינהל ותפוקותיו ולקביעת יעדים מבוססי נתונים".
בגלל זה, כמחצית פעילות המינהל מבוססת על תלונות המתקבלות בו, אך מספרן אינו מאפשר בסיס רחב דיו לאכיפה, והן אינן ממקדות את האכיפה במעסיקי עובדים בשכר נמוך, לרבות עובדים מהאוכלוסייה הערבית, המשפיעות על השכר. גם האכיפה היזומה אינה בהיקף מספק ואינה מתמקדת די במגזרים מועדים להפרות שממעטים להתלונן, כגון האוכלוסייה הערבית.
התרעות פיקוד העורף