על פי התכנית, 'הקו האדום' של הרכבת הקלה המתחיל בפתח תקווה וממשיך דרך בני ברק, רמת גן, תל אביב ויפו עד לבת ים - אמור להתחיל לפעול באוקטובר 2021 ועלותו מוערכת בכ-16 מיליארדי שקלים. במקביל, החברה אמורה להתחיל עד סוף 2019 את עבודות "הקו הירוק' ו'הקו הסגול' של הרכבת הקלה. בדוח הביקורת מתריע שפירא על ליקויים ועיכובים ממושכים בחלק מהמכרזים. "הליכי רכישת 90 הקרונות ל'קו האדום' נמשכו כשלוש שנים עקב דחיות במועדי הגשת ההצעות, בדיקת החשב הכללי במשרד האוצר ומאות בקשות הבהרה של המתמודדים במכרז ובקשות מצידם לדחיות", קובע המבקר.
עוד נטען בדוח, כי גם במכרז הרמזורים של 'הקו האדום' היו עיכובים של כארבע שנים. "בשנת 2012 פורסם הליך מיון מוקדם למכרז המערכות וכעבור ארבע שנים נשלחה הזמנה להשתתף במכרז. מדובר בפרק זמן ארוך מאוד, שבמהלכו יכולים להתרחש שינויים מהחייבים את עדכון המכרז", מצוין עוד בדוח. "הליקויים העיקריים שהועלו בדוח מלמדים על עיכובים משמעותיים הקשורים להימשכות הליכי מכרז הקרונות ומכרז המערכות על פני שלוש עד ארבע שנים", נקבע.
"הליקויים העיקריים שהועלו בדוח מלמדים על עיכובים משמעותיים הקשורים להימשכות הליכי מכרז הקרונות. בדוח גם נמתחת ביקורת על התקשרויות עם יועצים חיצוניים. "מסמכי ההתקשרויות אינם מרוכזים ואינם מנוהלים באגף הרכש, אלא פזורים בקרב גורמים שונים בחברה, וכדי לאתרם נדרשים עובדי החברה להשקיע זמן רב", נכתב, "התנהלות זו מקשה את פעילות החברה, ומלמדת על כשל בשימורו של הזיכרון הארגוני באופן הפוגע בבקרה הפנימית ובבקרה החיצונית".
בדוח נקבע עוד, כי במכרז תכנון רמזורים נפלו פגמים שונים: נת"ע לא בדקה בטרם יצאה למכרז את היתכנותם של תנאי ההשכלה לגבי מתכננים זרים ואת ההסמכה המקצועית הנדרשת מהם, לא הגדירה כראוי מונחי יסוד במסמכי המכרז כדי למנוע אי-בהירות בקרב המציעים, לא הביאה בחשבון את מכלול הנתונים בקביעת תנאי הסף למכרז ואמות המידה ולא צירפה למסמכי המכרז רשימה מלאה ומפורטת של כל המסמכים שעל המציעים לצרף להצעותיהם.
"על החברה לארגן ולרכז את כל המסמכים הנוגעים למכרזים ולהתקשרויות, וכן להקפיד לתעד את כל תהליכי ההתקשרויות, כדי לייעל ולשפר את תפקודה וכדי שניתן יהיה לקיים בקרה פנימית ובקרה חיצונית יעילות על פעולות החברה", צויין בסיכום הדוח – "על דירקטוריון החברה להנחות את הנהלת החברה לקיים את כללי המכרזים בהתקשרויותיה, ולבצע את הליכי ההתקשרויות מתוך הקפדה על יעילות ועל חיסכון".
"פרויקט הרכבת הקלה הוא אחד המורכבים בפרויקטים של תשתיות בישראל, והוא כרוך בתקציבי עתק שמממנת המדינה. בהיות חברת נת"ע גוף מתכלל ומתאם בין עבודת מאות יועצים, עליה לפעול ביעילות, בשקיפות, בחיסכון ובאופן המבטיח לה את מרב היתרונות", מסכם שפירא, "הממצאים שהועלו בדוח זה מלמדים על מאמצים ניכרים מצד החברה להתמודד עם פרויקט גדול, מורכב וחדשני, ואולם נמצאו גם ליקויים בנת"ע בנושאים הקשורים להתקשרויות עם יועצים ובהכנת המכרזים. ליקויים אלה בהיערכות הארגונית של נת"ע עלולים לפגום בהתקדמות הפרויקט ולפיכך גם להגדיל את העלויות".