מבקר המדינה בחן את עבודת המטה וסדרי קבלת ההחלטות של מועצת מקרקעי ישראל, הגוף האחראי על התווית מדיניות הקרקע על-פיה פועלת רמ"י (רשות מקרקעי ישראל), פיקוח על פעולותיה ואישור הצעת התקציב לפעילותה, שבראשה עומד שר האוצר משה כחלון. הביקורת בחנה את התנהלות המועצה בשנים 2016-2015, ומצאה כשלים בתהליך קבלת ההחלטות, בפיקוח על רמ"י ובמעקב אחר יישום החלטותיה. יתר על-כן, המבקר קובע כי הרכב המועצה הקיים עומד בסתירה לקבוע בחוק במה שנוגע לנציגות מטעם ארגוני סביבה, מיעוטים וקק"ל.
ליקוי מרכזי נוסף שמצא המבקר קשור להרכב המועצה. על-פי החוק מורכבת המועצה משבעה נציגי משרדים ממשלתיים, שישה נציגי קק"ל, ושר האוצר כיו"ר, ובנוסף אליהם מוטל על שר האוצר והשר להגנת הסביבה למנות משקיף מטעם גופים ציבוריים העוסקים באיכות הסביבה. אולם מאז 2016 ישבו במועצה שני נציגים מקק"ל – וכיום אחד בלבד, ולא יושב בה משקיף מטעם ארגוני הסביבה. בנוסף, למרות תיקון לחוק ממארס 2017 הקובע כי אחד מנציגי הממשלה מועצה צריך להיות מקרב האוכלוסייה הערבית, הדרוזית או הצ'רקסית, טרם מונה. רמ"י מסרה כי חלק מהנציגים האמורים מצויים בתהליכי מינוי, אך לא מסרה לוח זמנים להשלמת התהליך. המבקר קורא למועצה לתקן את הליקויים הרבים ו"לבצע שידוד מערכות בכל הנוגע לפיקוח שלה על פעולות רמ"י".
סוגיה נוספת בה עסק דו"ח המבקר היא הפרטת החיסונים של עדרי צאן מפני מחלות אבעבועות צאן ודבר צאן. בינואר 2015 העביר משרד החקלאות את האחריות על חיסון עדרי צאן מהשירותים הווטרינריים למגדלים עצמם, שנדרשו לפנות לווטרינריים פרטיים, וביולי 2016 הפכו חיסונים אלה מחיסוני חובה לחיסוני רשות. המבקר מצא כי בעקבות מהלך זה, המידע שנמצא בידי השירותים הווטרינריים אודות הכיסוי החיסוני של מחלות אלו (שיעור בעלי-החיים החולים) לוקה בחסר משום שחלק מן הווטרינריים הפרטיים לא דיווחו כראוי.
"בדוח נאמר כי הנטל של התמיכות העקיפות מוטל על הצרכנים ולא על תקציב המדינה, הן מתאפיינות במידה פחותה של שקיפות, והן "עלולות לגרום לעיוות בהחלטות של החקלאי בנוגע לכמות הייצור ולאופיו, ובכך לפגוע ביעילות של הענף ובתחרותיות שלו". הדו"ח מבקר את אי מימושן של רפורמות לצמצום המעורבות והתכנון הממשלתיים בענפי החלב והביצים, אשר צפויים היו להביא לירידת מחירים ולייעול. הרפורמה בענף ההטלה נחוצה, נאמר בדו"ח, הן לצורך התייעלות הענף והוזלת המחירים לצרכן והן מטעמים הנוגעים לבריאות הציבור, לרווחת בעלי החיים ולאיכות הסביבה.