הוא החל לכתוב מדריכים עבור חברה לייצור ציוד רפואי ולאחר מכן גם פרסם עם רעייתו הראשונה, אן דונגן, ספרי ילדים על דמויות היסטוריות. בשנות ה־80 הכיר ג'ונסון את היועץ העסקי קן בלנצ'רד ופרסם עמו ספר להצלחה עסקית בשם "מנהל לדקה אחת".
ההצלחה הגדולה של ג'ונסון הייתה הספר "מי הזיז את הגבינה שלי?", שהתפרסם ב־1998 והפך לרב־מכר עם מכירות של יותר מ־28 מיליון עותקים. הספר מתאר את ההתמודדות של שני עכברים ושני גמדים, שנמצאים בתוך מבוך ונאלצים להתמודד עם היעלמות הגבינה שלהם. הגמדים לא מרימים ידיים ויוצאים לחיפוש אחר אספקה חדשה. "כאשר אתה מפסיק לפחד, אתה מרגיש טוב!", היה המסר של רב־המכר.
התרעות פיקוד העורף