הסרט מצליח להדגיש את העובדה שחברון היהודית היא המקום המייצג של אידיאולוגיית ההתנחלויות ביהודה ושומרון, ולצד זה המאבק שלה שונה. תיאורי הזוועות מהאינתיפאדה השנייה וההליכה לבית הספר כשכדורים שורקים מעל האוזן מצליחים להעביר את האבסורד של חוויית המיעוט היהודי (450 תושבים) בתוך עיר פלסטינית גדולה (120 אלף). המרואיינים בסרט מתארים את החיים לצד ילדים פלסטינים וצלמים של האו"ם שמתעדים כל תנועה שלהם. הסביבה שחיו בה כנראה הזינה את תחושת השליחות שהרגישו.
הסרט נזהר מלעסוק יותר מדי בשורשים ההיסטוריים והאידיאולוגיים של חברון וההתיישבות היהודית בה. הבחירה הזאת היא בעייתית משום שהיא לא מצליחה להעביר את החוויה של אורח החיים במקום לצופה, ויותר מכך, כיוון שהיא מתעלמת בבוטות מאירועים שהתרחשו בעיר והפכו את חברון לסמל של מלחמה עקובה מדם.
הבעיה המרכזית ב"ילדי חברון" היא הרצון להתמקד לכאורה רק בזווית של הילדים, מבלי לתת יותר רקע על האידיאולוגיה והקונפליקטים שליוו את החוויה שלהם. הסיפורים ותיאורי הזוועה עוזרים אמנם לתת הקשר לסיפור, אבל הסרט לא עוסק בהם יותר מדי ועסוק בעיקר בלעורר אמפתיה כלפי ילדים שחיו תחת רעיונות גדולים וביקשו רק שקט וביטחון.
התהליכים הנפשיים שכל אחד מהמרואיינים בסרט עובר מוצגים באופן שמזכיר מאוד תהליכי התבגרות רגילים. ההתמודדות עם הדת, עם המלחמה ועם האידיאולוגיה קיימת בלא מעט מקומות בישראל, והסרט ברובו לא מצליח להעביר את הייחודיות של המאבק בחברון, מאבק דתי ופוליטי שמקבל מקום משני בסרט.
חברון היא דוגמא למקום שמקפל בתוכו כמה משאלות היסוד של של המדינה. "ילדי חברון" מנסה להתמקד בזווית אחת, אבל בחלקים מסוימים מתקשה להעביר את האבסורדיות של החוויה. הבחירה שלא להציג בסרט את ההיסטוריה הפוליטית, הרעיונית והדתית שהובילה את ההורים של המרואיינים לשבת במקום מסוכן כל כך, לא מצליחה להדגיש את הדיסוננס בין האהבה הגדולה של הילדים למקום שבו גדלו לבין ההבנה שלהם שהילדות שלהם הייתה חריגה בכל קנה מידה. שכמה שהם אוהבים את הבית, הם לעולם לא ירצו לחזור.
התרעות פיקוד העורף