לאחר 25 שנות פעילות הודיע ארגון "בצלם" כי הוא מפסיק לדווח ולשתף פעולה עם צה”ל. כדרכם, אנשי "בצלם" לא דיברו בססמאות אלא במספרים, בעובדות ובהעמדת כשלי מערכת הביטחון מול עקרונותיה וחוקיה שלה עצמה. בדרך כלל הארגון היה מתעד אירועי פגיעה של חיילים באזרחים פלסטינים ומעביר את התוצאות לפרקליטות הצבאית. הרעיון הכללי היה למנוע מצב שבו חיילים יורים למוות בפצועים בלא שהם עצמם נמצאים בסכנת חיים או סתם מתעללים ללא הצדקה.



מאז תחילת האינתיפאדה השנייה בסוף שנת 2000, פנה "בצלם" לפרקליטות הצבאית בדרישה לחקור 739 מקרים שבהם פלסטינים נהרגו, נפצעו או הוכו בידי חיילים, שרכושם נפגע או שחיילים השתמשו בהם כבמגנים אנושיים. ברבע מן המקרים (182) לא נפתחה חקירה בכלל, בכמעט חצי מהם (343) נסגר תיק החקירה בלא כלום, ורק במקרים נדירים ביותר (25) הוגשו כתבי אישום נגד החיילים המעורבים. 13 תיקים נוספים הועברו לדין משמעתי. 132 תיקים נמצאים בשלבים שונים של טיפול, ו־44 נוספים לא אותרו על ידי הפרקליטות הצבאית. 
 
המספרים האלה אומרים דרשני בעייתי למדי. הם מלמדים על אוזלת ידה של המערכת, על שרירות לבה ועל האקלים הפוליטי הנוכחי. זה לא רק החייל מחברון, אלא המערכת הפוליטית החברתית והמשפטית המגבה אותו. התיעוד של “בצלם” כולל מעקב אחרי המכניזם של התפוגגות רוב התלונות. החל מכך שהפלסטינים אינם יכולים להגיש בעצמם תלונות במצ"ח, והם תלויים בארגוני זכויות אדם או עורכי דין שיגישו את התלונות עבורם. ממצ"ח מגיע תיק החקירה לפרקליטות לעניינים מבצעיים, ושם זה נגמר בדרך כלל בלא כלום, משום שהפרקליטות פשוט מקבלת את גרסאותיהם של החיילים החשודים בביצוע העבירה. בכלל, הטיפול בכל תלונה נמשך חודשים ארוכים ואף שנים, כאשר לא פעם החיילים שנגדם הוגשה התלונה כבר יצאו מתחולת חוק השיפוט הצבאי. ועוד ועוד מכשולים ביורוקרטיים, על פי מיטב הרפרטואר של מנגנון הכיבוש.
 

אחרי 25 שנות צבירת חומר ידע וניסיון הגיעו ב"בצלם" למסקנה שמערכת אכיפת החוק הצבאית לא מסוגלת לטפל בנגע האלימות בשטחים. החל בחקירות רשלניות של מצ"ח וכלה בגרירת זמן של הפרקליטות. כולל הפיקוח האזרחי בדמות היועץ המשפטי לממשלה ובית המשפט העליון, האמורים לפקח על הפרקליט הצבאי הראשי. 
 
ועדת טירקל הגישה את המלצותיה בפברואר 2013 והמליצה על שורה של תיקונים במערכת אכיפת החוק הצבאית. לאחר ועדת טירקל הקימה הממשלה את ועדת צ’חנובר. בדוח שהגישה באוגוסט 2015 המליצה הוועדה ליישם חלק מהמלצות ועדת טירקל כלשונן. במאי 2016 החליטו ב"בצלם" שעבודתם לא רק שאינה מועילה, אלא מזיקה, באורח שבו היא מציגה מצג שווא של שיתוף פעולה עם המערכת הצבאית, ובכך היא כביכול מלבינה אותה. על פי שרית מיכאלי, פעילה מרכזית בארגון, "בצלם" לא מפסיק את פעילותו וימצא את הדרך הנכונה להגיע הן לציבור והן למקבלי ההחלטות. אמן.