עם זאת, השב"כ מתקשה לסכל מראש פיגועים המתוכננים ומבוצעים על ידי בודדים, כאלו שאינם קשורים לתשתיות טרור ארגוניות ואינם מבצעים הכנות רבות לפני. צריך לומר שגם פיגועים כאלו סוכלו בעבר לאחר שהתקבלו דיווחים מהשטח, מבני משפחה או סוכנים, על כוונתם של בודדים לצאת ולפגע. אולם ברוב המקרים לא מתקבל מידע שכזה ומבצעי הפיגוע יוצאים לבדם לבצע אותו מבלי לעדכן איש.
במקרה כזה מתחיל השב"כ במיידית לאחר הפיגוע בחקירת שטח, איסוף ממצאים ונתונים על בסיס דיווחי מקורות אנושיים וטכנולוגיים, בניית תמונת מודיעין וחקירות של מקורבי המחבלים על מנת להבין האם קיימת תשתית טרור ופעילים נוספים הקשורים אליהם. חקירתם של המחבלים החיים תאפשר קבלת תמונת מצב מלאה על הפיגוע ועל סייענים אפשריים.
קשה לדעת האם הייתה התרעה ממוקדת על כוונתם של בני הדודים מיטא לבצע פיגוע. ככל הנראה שלא הייתה כזו. במצב הזה אמורים לפעול מנגנוני האבטחה האחרים: גדר ההפרדה והמחסומים, אבטחת המוסדות ומרכזי הקניות וכדומה. בעניין הגדר, מילים רבות כבר נשפכו. מדינת ישראל אינה משלימה את בניית הגדר שממילא קיימות בה פרצות רבות המאפשרות לעשרות אלפי שב"חים לשהות בתחומי המדינה ללא אישור ומהם מגיעים בסופו של דבר רוב מבצעי הפיגועים.
התרעות פיקוד העורף