לסיפור המעשה כחלק מהאתוס של הגבורה הישראלית יש חשיבות רבה ואסור לזלזל בה. יש גם הרבה סיבות להיות גאים, ועוד לא דיברנו על ההרתעה. אבל מנגד, כמעט 11 שנים אחרי השמדת הכור עולה שאלה כבדת משקל: האם התקיים תחקיר משותף לגופי המודיעין השונים והדרג המדיני על התהליך כולו? האם נבדקו לעומק הסיבות לפערי המודיעין בלוב ובסוריה? האם נבחנו יחסי העבודה והממשקים המשותפים בין אמ"ן למוסד בשנים המדוברות?
ישנן עוד שאלות רבות שכנראה לא נחקרו עד תום לאחר המבצע, לפחות לא בדיון משותף שמלבן לעומק את הפערים בין הגופים השונים, המערכת הביטחונית והמדינית כולה. כאשר במבחן התוצאה הושג הישג מזהיר, שהופך עכשיו לקרב קרדיטים מיותר ומכוער, השולי הופך לעיקר - כאשר בדרך מתעלמים גם עכשיו לחלוטין מהלקחים שחובה להפיק.