בעבר יצא המבקר נגד נתניהו ואף "פסל" את מועמדותו של ראש הממשלה לראשות המפלגה בבחירות המקדימות. בתחילה טען נתניהו באמצעות פרקליטו כי למבקר הפנים אין סמכות להדיח איש מן הרשימה או לבטל את מועמדותו. דברים ברוח דומה נאמרו גם על-ידי בית הדין של הליכוד.
אולם אחר כך הגיעו הצדדים לפשרה לפיה נתניהו מכיר בסמכות המבקר לפעול לפי חוק המפלגות, לרבות בדבר פסילת מועמדים בפריימריז. עוד נכתב כי נתניהו מתחייב להקפיד על הוראות החוקה והוראות כל דין במסגרת התמודדותו בפריימריז, ומצהיר כי ככל שלא מולאו עד היום, הדבר נעשה בתום לב ובשגגה.
ביקורת של המבקר באה גם על רקע גל פרישות ממטה הבחירות של הליכוד. את המטה עזבו בימים האחרונים יועץ התקשורת ברק סרי, היועץ האסטרטגי יואב צור ומנהלת הקמפיין בשפה הרוסית דינה מרגולין.