"נדרש טיפול שורש לחיסול הגירעון המובנה בתקציב הבריאות", כך קובע מבקר המדינה, יוסף שפירא, שמותח ביקורת חריפה על אגף התקציבים במשרד האוצר ועל אגף התכנון והתקצוב במשרד הבריאות, לפיה התנהלותם בנוגע לניהול תקציב מערכת הבריאות תרמה למשבר התקציבי ההולך ומחמיר במערכת הבריאות מאז שנת 2009.
הדו"ח מצביע על ניהול לקוי של תקציב משרד הבריאות – תקציבים מועברים באופן חד-פעמי מידי שנה במקום לבנות תוכנית רב-שנתית שתאפשר למוסדות להתארגן, התקצוב של בתי החולים הממשלתיים נעשה על פי יעדי השנה הקודמת ללא בדיקה מקיפה של הצרכים בפועל וקיימים פערים משמעותיים בין תוכניות העבודה של בתי החולים לתקציב שאושר להם, כאשר התקציבים הניתנים נמוכים משמעותית מהסכומים שאמורים לשקף את פעילותם.
הדברים מגיעים על רקע מאבקם של מנהלי בתי החולים הממשלתיים לפני מספר חודשים בנושא, בו אמרו כי אם לא יועבר להם עוד תקציב יאלצו להפסיק לספק טיפולים וניתוחים שאינם דחופים. לבסוף העבירו משרדי הבריאות והאוצר עוד תקציב, אבל מנהלי בתי החולים הממשלתיים עדיין מתריעים שאם בחודשים הקרובים שיטת התקצוב לא תשתנה הבעיה תצוף שוב.
בנוסף, מתריע המבקר גם על המצב בקופות החולים – התמיכה הכלכלית של המדינה בהן מבוססת על "הסכמי ייצוב", שנחתמים מידי שלוש שנים. על פי ממצאי המבקר, סכומי הסיוע הניתנים לקופות הולכים וגדלים, כך שמשנת 2009 עד 2012 הם יותר מהוכפלו. בנוסף, נכתב כי הסכמי הייצוב נחתמים באיחור ניכר, וזה מותיר את הקופות בחוסר תקציבי ובאי- ודאות. מצב זה, לדברי המבקר, "מקשה על משרד הבריאות למלא באופן מיטבי את תפקידו כרגולטור של מערכת הבריאות".
הפרק הזה בדו"ח המבקר מתאר מצוקת העומסים והמחסור בכוח האדם הידועה - וקובע שכל זה מוביל לפגיעה בזכויות החולים. על פי הדו"ח, בגלל עומס עבודה אין לחברי הצוות הרפואי זמן למסור מידע רפואי מלא למטופלים והם מוסרים מידע חלקי במהירות. בבתי החולים נמנעים מהקמת ועדות בדיקה שתפקידן לבחון תלונה של מטופל, ובמקום זה מעדיפים לקיים בירורים פנימיים לצורך הפקת לקחים, ככל הנראה מחשש לתביעות רשלנות (המבקר התריע כבר ב2012), גם ועדות אתיקה שהוקמו בבתי החולים התכנסו פעמים בודדות בלבד בשנת 2013.