לחלק מהחשודים מיוחס חשד לכך שבהיותם פעילים בארגון הפשיעה הגדול בישראל, הם קשרו קשר לשני ניסיונות חיסולו של זאב רוזנשטיין. מדובר באירוע שהתקיים ביוני 2003 בגני התערוכה בתל אביב באמצעות רכב תופת ובאירוע שהתקיים בדצמבר 2003 ברחוב יהודה הלוי בתל אביב - בו נרצחו שלושה אזרחים חפים מפשע.
עוד הותר לפרסום כי איציק אברג'יל הוא החשוד המרכזי בפרשה. אל אברג'יל ואחרים מיוחס החשד לניסיון חיסולו של רוזנשטיין בשתי הזדמנויות שונות. בניסיון החיסול השני קיפחו את חייהם חיים סרויה (43) נפתלי מגד (19) ומשה מזרחי (28), שהיו במקום בו התפוצץ מטען החבלה. מעצרו של אברג'יל הוארך ב-15 ימים.
כמו כן מיוחס לחלק מהחשודים חשד לביצוע רצח מיכה בן הרוש, הנעדר משנת 2005. כמו כן, נבדק חשוד כי חלק מהעצורים ביצעו עבירות של חברות בארגון פשיעה והיו מעורבים לכאורה בפרשיות ייבוא וסחר בסמים בהיקפים גדולים בין השנים 2003-2006. בנוסף לכך, נבדק חשד לביצוע עבירות הלבנת הון ומס.
שורת החשדות המיוחסים לחשודים או לחלקם הינה חשד לביצוע עבירות רצח, נסיון רצח, חברות בארגון פשיעה, סחר באמל״ח ואחזקתו, הלבנת הון וקשירת קשר וכן עבירות בתחום הייבוא והסחר בסמים.
התרעות פיקוד העורף