המשבר הגדול של בית הספר הניסויי בירושלים אירע בראשית שנות ה־2000.
זה קרה אחרי שמישהו העלה את האפשרות שבית הספר יתחיל להכין את תלמידיו לבחינות הבגרות. ההורים, מצדם, לא ידעו את נפשם. מבחינתם זו הייתה שערורייה שאין כדוגמתה. "היה דיון מאוד אמוציונלי", משחזר ז'ילברט הרץ־לנס, יו"ר ועד ההורים במוסד. "השאלה הגדולה שעל הפרק הייתה אם ילדים יכולים להיות מוגשים לבגרות או לא. נוצר ממש משבר אמון בין החינוך הניסויי לבין התפיסה הזו של בחינות".
ומה קורה מעבר לים? בארצות הברית התופעה של בתי ספר ייחודיים נלקחת לאקסטרים. כך, למשל, אם "עין הים" מלמד באמצעות משחקים, בבית הספר "הר המשחקים" בלוס אנג'לס, קליפורניה, התלמידים משחקים סתם כדי לפרוק לחצים, לאו דווקא כדי ללמוד. גם בית ספר בסגנון סיפורי דיסני יש
לא רק העיקרון זהה בין כל האלטרנטיביים - גם התוצאה. "יש פה אפס אלימות", מעיד בירנבאום על הבייבי שלו, כמו שאר המרואיינים. "יש הרבה אמפתיה בין התלמידים".