הזמר יהורם גאון, שהנחה את טקס הלוויה לבקשת המשפחה, ספד לנבון שהיה חברו הקרוב. "לאחר מותו של אבי האהוב אימצתי לי את נבון לאבא. לו ידע כמה אני מתייעץ עמו בכל דבר שאני עושה, כדי להידמות באחד לאלף לנעימותו וחוכמתו. לו ידע כמה הייתי רואה בכל הערה שלו מחמאה".
גאון אמר שנבון היה חלק מהעם: "מעטים יש כאלה שהשכינה שורה עליהם. כזה היה יצחק נבון. מלך. בבואו הואר המקום, הוא היה מורם מעם ובאותו זמן היה חלק מהעם. לא היה כמוהו לחפש את המחבר בין כולנו. בהגיעו לגיל 80 הנחתי את טקס יום ההולדת שלו, והוא כתב לי מכתב תודה, והוא שמור אצלי למשמר. אני בוכה את לכתך".
הנשיא הוסיף: " אישיותך הייחודית, האופן בו אתגרת את מוסד הנשיאות, יהיו לנשיאי ישראל בעתיד ובהווה אתגר. יצחק היקר, אתמול בלילה כאשר המוני בית ישראל הבדילו בין קודש לחול, הם שרו בוודאי את המנגינה האהובה מ"בוסתן ספרדי". שמלאכי עליון ילוו אותך בדרכך האחרונה".
הארון הוצב בתוך המשכן על כן שחור, כשמשני צדדיו משמר כבוד של אנשי משמר הכנסת. טקס הפרידה מנבון נפתח בהנחת זר ובדברים של נשיא המדינה ראובן ריבלין ולאחר מכן החל הקהל לעבור על פני הארון.
בטקס האשכבה לזכרו נאמר ע"י הרב הצבאי "אל מלא רחמים" ובנו של הנשיא המנוח, ארז, אמר קדיש בפעם הראשונה. אנשי משמר הכנסת הובילו את הארון על כתפיהם ולאחר מכן הגיעה השיירה לחלקת גדולי האומה בהר הרצל, שם נערך טקס ההלוויה הממלכתי.
מאז שעות הבוקר פקדו מאות אזרחים, מוקירי זכרו של נבון וחלפו על פני הארון. בין הבאים היו נשיא המדינה לשעבר, שמעון פרס, שר החוץ לשעבר, דוד לוי, שר המשפטים לשעבר משה נסים, ותיקי העובדים במשכן הנשיא והמשוררר חיים גורי, הבמאי צדי צרפתי, שביים את בוסתן ספרדי, גילה אלמגור ורבים אחרים.