באקדמיה הגיבו באבל עמוק לידיעה על מותו של ד"ר ניר, ורבים ספדו לו. פרופ' אייל זיסר, סגן הרקטור באוניברסיטת תל אביב ומי שהנחה את ד"ר ניר ז"ל בעבודת הדוקטורט שלו, סיפר עליו למעריב: "ראיתי אותו בשבוע שעבר בפעם האחרונה, הוא היה מורה מאוד אהוב ומאוד פופולרי. דרכו לא הייתה קלה, אבל למרות הקשיים הוא התמיד ולא ויתר, זכה להקים סביבו מעגל גדול של חברים, של תלמידים ומעריצים בכל אוניברסיטה ומכללה בה לימד, וגם ברחבי העולם ואפילו בלבנון, גם מקרב בני העדה השיעית ואפילו מקרב ארגון החיזבאללה, שלא תמיד קיבל בהבנה את העניין של עמרי בשיעים. עמרי יחסר לכולנו".