במסגרת החקירה נחקר גיל שפר באזהרה בגין חשד לביצוע עבירות של מעשים מגונים וכליאת שווא, נגבו עדויות ובוצעו פעולות חקירה מגוונות. עם סיום החקירה העבירה משטרת ישראל לפרקליטות מחוז תל אביב את כלל הממצאים והחומרים שנאספו.
בתחילת חודש דצמבר הותר לפרסום שמו של גיל שפר, שכאמור כיהן כראש הסגל בלשכתו של נתניהו ונחקר באזהרה בחשד לביצוע עבירות מין, מעשים מגונים וכליאת שווא. האירוע התרחש ככל הנראה לפני מספר חודשים והחקירה התנהלה כסמויה מאז ועד לזימונו של שפר לחקירה באזהרה. בתום חקירתו הוא נשלח לחמישה ימי מעצר בית.
הפרשה החלה לפני כחודשיים וחצי, כשאמנית צעירה התלוננה כי הבכיר לשעבר הציע לה להצטרף אליו לנסיעה בדרכם לעיר מגוריהם, לאחר שהופיעה בכנס שבו נטל חלק. לטענתה, הוא התיישב לצידה במושב האחורי ברכב, ובמהלך הנסיעה הציע לה לשתות אלכוהול ונגע בגופה בניגוד להסכמתה ורצונה. עוד טענה הצעירה בתלונתה במשטרה כי לאחר שהגיעו לעיר מגוריהם, הוביל אותה החשוד לדירה שבה נכחו גברים נוספים, ושם אילץ אותה להופיע בפניהם.
התרעות פיקוד העורף