על פי החשד, בכיר לשעבר בחברה, שלאחר מכן פוטר מתפקידו, פעל בצוותא עם מעורבים נוספים המקורבים אליו ולבכירים בחברה לקידום העסקתן של החברות הפרטיות, בניגוד לכללים ולחוקי המכרזים, זאת בתמורה לכספים שהועברו אליהם ול"גזירת קופון" מהעסקאות.
כאמור, הפרשה שנחשפה היום מקורה בחקירה שהתפתחה כבר בחודש אוגוסט 2016, והסתיימה בגשת תשתית ראייתית נגד 40 חשודים. החומר הועבר לפרקליטות המדינה. ממצאי החקירה כללו עבירות של שחיתות ציבורית ושחשפו מנגנון שיטתי של העברות כפסים מהמדינה תוך גריפת רווחים מסוגים שונים בהיקפים הנאמדים במאות מיליוני שקלים.
.
חקירה חשפה התנהלות פלילית שיטתית ושחיתות עמוקה לכאורה שהייתה נהוגה בחברת נתיבי ישראל, משך למעלה מעשור, תחת כהונתם של מספר מנכ"לים ובמעורבות מגוון גורמים ברבדים שונים בחברה ביניהם בכירים, מנהלים, עובדים זוטרים ומי שאמורים היו להיות "שומרי הסף" וכן יועצים, ספקים ונותני שירותים למיניהם, זאת תוך ביצוע שורת עבירות ובהן מתן ולקיחת שוחד, קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, רישום כוזב במסמכי תאגיד, סחיטה באיומים, עבירות לפי חוק איסור הלבנת הון, מרמה והפרת אמונים, הפרת אמונים בתאגיד, עבירות על פקודת מס הכנסה.